Возможно, что доводы Макарова показались на этот раз убедительными, возможно также, что немалую роль сыграли здесь честолюбивые замыслы Витте. Так или иначе, Макарову было разрешено организовать экспедицию и предложено представить подробный план нового арктического похода.
Закончив дело на Гогланде, «Ермак» 16 апреля прибыл в Кронштадт. За зиму ледокол проделал огромную работу; он прошел 2257 миль, из них 1987 — во льдах. Срочные дела не позволяли его команде отдохнуть. В Кронштадте «Ермак» пробыл всего неделю и снова отправился в рейс на помощь застрявшим во льдах пароходам.
Вблизи острова Нерва148 с «Ермака» заметили пароход, подававший сигналы бедствия. Немедленно отправились к нему. Но было уже поздно. «Ермак» подоспел к пароходу, оказавшемуся норвежским, в тот момент, когда он стал погружаться в воду. Забрав с льдины команду и пассажиров, «Ермак» отправился дальше. У острова Сескар были спасены семь финнов, застрявших на поврежденной шлюпке среди льдов. Изнуренные и обессиленные люди нашли радушный прием на ледоколе.
Летом 1900 года «Ермак» ушел в Ньюкасл для капитальной перестройки носовой части; конструкцию Макаров предложил совершенно изменить. Передний винт, не оправдавший себя, был снят. Решено было также удлинить носовую часть на четыре с половиной метра. Превращение носовой части ледокола в более острую и длинную, по мнению Макарова, позволило бы кораблю более легко врезаться в ледяные поля и раздвигать льдины. Предложение Макарова было одобрено специальной комиссией. Более полугода потребовалось на переделки. Лишь в феврале следующего года ледокол вышел в Кронштадт. У Толбухинского маяка его встретил Макаров. Он хотел лично убедиться, каковы стали качества ледокола после реконструкции. Проба прошла вполне успешно. Правда, испытания происходили не в арктических льдах, а в Финском заливе, но Макаров не сомневался, что ледокол в его новом виде будет лучше работать и в полярных условиях.
Удачно проведенные испытания положили конец колебаниям Витте, и он окончательно разрешил экспедицию. Через два дня Макаров представил полную программу плавания и план всех подготовительных работ. «Ермак» должен был идти к устью Енисея, но не через Югорский Шар149, как обычно ходили туда, а вокруг северных берегов Новой Земли, то есть вокруг мыса Желания. Такой маршрут, сравнительно менее рискованный, был вполне сознательно избран Макаровым из опасения, что более смелые и широкие замыслы могут испугать Витте и экспедиция опять не будет разрешена. Намеченный маршрут не удовлетворял Макарова, но он вынужден был с этим смириться.
Вместе с тем и этот маршрут заслуживал внимания, так как северные окраины Новой Земли и условия плавания в этом районе еще никем не были изучены. Обратный путь, в случае благоприятного состояния льдов, намечался севернее.
Такая программа действительно не вызвала возражений и была утверждена. На Макарова возлагалось исследование пути по северную сторону Новой Земли и одновременно нанесение на карту ее западного берега.
Макаров не скрывал своей радости. Полтора года с удивительной настойчивостью добивался он разрешения вновь устремиться на своем ледоколе в неизведанные просторы Арктики и, наконец, достиг своего.
Обладая большим жизненным опытом и трезво оценивая сложившуюся обстановку, Макаров отлично понимал, что он взялся за дело чрезвычайно рискованное и что неудача может постичь его так же, как и в предыдущих плаваниях. Об этом свидетельствует его «весьма секретная записка», составленная им перед отправлением в плавание и адресованная на имя царя. Эту записку в запечатанном конверте Макаров передал адмиралу В. Мессеру «на случай, если к 15 октября 1901 года никаких известий о благополучном возвращении „Ермака“ не будет». Содержание этой записки теперь известно.
«Теперь предстоит плавание в Ледовитый океан, — писал в ней Макаров. — Вся ответственность как за мою мысль, так и за ее исполнение лежит на мне одном, и если на „Ермаке“ что-нибудь не сделано, то виноваты не те, которые сумели помешать, а я, который не сумел этого отвратить. Мною сделано все, что оказалось в данных условиях возможным, чтобы ледокол „Ермак“ мог выдержать всякие случайности, которые сопряжены с этим плаванием…"150 Далее Макаров советует, что надо будет делать и как поступать, если придется посылать экспедицию на поиски исчезнувшего ледокола. Считая посылку санной партии нецелесообразной, Макаров советовал немедленно приступить к постройке ледокола, вдвое меньшего, чем „Ермак“. Тут же были приложены чертежи этого ледокола. Заканчивалась записка так: „Прошу великодушно простить мне это, ибо единственное побуждение, которое толкает меня на север, есть любовь к науке, желание раскрыть те тайны, которые природа скрывает от нас за тяжелыми ледяными преградами“.