И все же Макаров не сдавался. Через некоторое время он снова поднял вопрос об экспедиции в Арктику. На этот раз он нашел поддержку в Физико-химическом обществе. Общество подробно рассмотрело новый проект Макарова и создало специальную комиссию для обсуждения «научной экспедиции вице-адмирала Макарова в полярные страны на ледоколе „Ермак“. Но когда встал вопрос о том, кто будет финансировать экспедицию, Академия наук от этого отказалась. Макаров обратился в Географическое общество. Вице-председатель общества П. П. Семенов также не поддержал его.
Обращаясь в Географическое общество, Макаров, конечно, не рассчитывал получить деньги на экспедицию, ему нужна была поддержка такого влиятельного ученого, каким был вице-председатель общества, член государственною совета П. П. Семенов. Ответ П. П. Семенова окончательно отрезал Макарову всякие пути к организации новой экспедиции на «Ермаке». Раздосадованный Макаров написал Семенову: «Если Географическое общество откажется оказать мне чисто идейную поддержку, то оно заслужит справедливый упрек потомства, ибо дело мое остановится и Ледовитый океан останется неисследованным, пока другая нация не примется за постройку ледокола для этой цели».
Борьба с рутиной оказалась более тяжелой, чем борьба с ледовой стихией.
Дело, которому Макаров посвятил восемь лет непрерывного труда, за которое он боролся с редкой настойчивостью и самоотвержением, оборвалось, а после гибели Макарова было забыто на долгие годы. Замечательный, совершенно оригинальный ледокол, постройка которого означала крупнейший шаг вперед в области судостроения, не нашел в дореволюционное время лучшего применения, чем ввод и вывод караванов торговых судов из замерзающих портов Балтийского моря.
Макаров готовил «Ермака» для больших дел. Как военный моряк, он понимал, что ледокол может оказать неоценимую помощь военным кораблям как в мирное время, так и во время войны. После случая с броненосцем «Генерал-адмирал Апраксин» это поняли и многие другие моряки. Даже такой непримиримый враг Макарова, как адмирал Бирилев, и тот вынужден был признать, что в военное время «Ермак» смог бы принести бесценные услуги. Но в чем именно должны заключаться эти услуги, помимо проводки военных кораблей через лед, никто не знал и не задумывался об этом.
Ответить на этот вопрос взялся сам Макаров 4 декабря 1899 года он прочел для специалистов лекцию на тему: «Влияние ледоколов на военно-морские операции».
В своей лекции Макаров подробно разобрал влияние ледовых условий на применение наступательных и оборонительных средств, на действия артиллерии, мин (самодвижущихся и якорных) и тарана. «Нельзя питать твердых надежд, — говорил Макаров, — что зимнее нападение неприятеля невозможно. Благоразумие требует, чтобы все особенности зимней морской кампании были выяснены. Лишь тот флот может стать господином положения, который имеет ледоколы, хорошо изучил льды и приспособился к плаванию в них».
Благодаря «Ермаку» Россия смогла вывести свой флот из замерзшего порта в открытое море во время войны с Японией. В феврале 1905 года «Ермак» провел через льды Либавского порта в полном составе эскадру Небогатова, отправлявшуюся на Дальний Восток.
Неоценимой была помощь «Ермака» в 1918 году, когда он провел в Кронштадт из Гельсингфорса первый отряд кораблей революционного Балтийского флота, героически пробившийся сквозь необычайно тяжелые в тот год льды Финского залива. В состав эскадры, проведенной «Ермаком», входили линкоры «Петропавловск», «Севастополь», «Полтава», «Гангут», крейсеры «Адмирал Макаров», «Рюрик», «Богатырь» и другие корабли. Всего же в течение марта и апреля 1918 года «Ермак» при содействии других ледоколов обеспечил проводку в Кронштадт 211 боевых кораблей в крайне тяжелых в том году ледовых условиях. Среди этих кораблей было 6 линейных кораблей, 5 крейсеров, 54 миноносца и 12 подводных лодок. Этот героический, единственный в истории флотов всего мира ледовый поход протекал в исключительно тяжелых условиях. Ледовый поход 1918 года оправдал самые смелые предположения Макарова. Своим спасением флот во многом был обязан макаровскому ледоколу «Ермак».
Современники Макарова не оценили да и не могли полностью оценить идею мощного ледокола. Лишь немногие смогли понять ее широко и правильно. Ф. Ф. Врангель после смерти Макарова писал: «Сдается мне, что когда в близком будущем обновленная Россия развернет во всей своей мощи неисчерпаемые силы ее народа, использует неисчерпаемые сокровища ее природных богатств, то смелая мысль русского богатыря Макарова будет осуществлена. Будут сооружены ледоколы, способные проходить среди льдов Ледовитого моря так же свободно, как проходит „Ермак“ по льдам Финского залива, которые до него были также непроходимы. Омывающий наши берега Ледовитый океан будет исследован вдоль и поперек русскими моряками, на русских ледоколах, на пользу науки и на славу России».