Еще по пути в Порт-Артур, осматривая во время остановки поезда укрепления на Киньчжоуском перешейке, Макаров был удивлен отсутствием там орудий крупного калибра, необходимых для обороны флангов этой позиции со стороны моря. Он настойчиво доказывал, что такие орудия нужны не только при отражении неприятеля с моря, но и при действиях на суше, в случае, если японцы предпримут штурм Киньчжоуских позиций176. Доставить орудия было тогда еще не поздно, но этого не сделали.
Во время одной из бомбардировок Порт-Артура японскими кораблями с дальней дистанции Макаров заметил, что береговые батареи молчат, и спросил у начальника крепостной артиллерии, в чем дело. Тот ответил, что крепость не отвечает из-за отсутствия стальных сегментных снарядов, обеспечивающих необходимую дальность стрельбы. Попутно адмирал узнал, что фугасных снарядов в крепости также нет, а есть лишь чугунные снаряды с уменьшенным зарядом, дальность стрельбы которыми не превышала восьми с половиной километров. Японцы же стреляли с дистанции свыше десяти с половиной и даже пятнадцати километров.
Макаров не мог примириться с таким положением и завязал переписку с артиллерийским ведомством в Петербурге. Он требовал снарядов, допускающих стрельбу на дистанции, избираемые противником. Но артиллерийское ведомство упрямо утверждало, что крепостные орудия все равно не смогут стрелять на расстояние свыше восьми-десяти километров, и рекомендовало не отвечать на огонь противника, если он стреляет с дальней позиции. В ответ на этот нелепый совет Макаров дал крепостным артиллеристам для пробы несколько стальных сегментных снарядов с одного из броненосцев. Выяснилось, что стальные снаряды летят на дистанцию, значительно превышающую десять километров. Макаров телеграфировал об этом в Петербург. Артиллерийское ведомство, конечно, обещало выслать такие снаряды, но ограничилось обещанием. Снаряды так и не были посланы.
Требовательный к себе, Макаров был строг и к подчиненным. Людей способных и исполнительных он всячески поощрял и стоял за них горой, к нерадивым же, бездельникам и трусам был беспощаден. Так, побывав на двадцати двух миноносцах эскадры и познакомившись с их командирами, Макаров отстранил многих от должности и заменил другими. Командир порта был освобожден от должности за нераспорядительность.
Переведя командира броненосца «Цесаревич» на другую должность, Макаров назначил на его место бывшего командира «Ермака» капитана 1 ранга Васильева, в отваге и способностях которого он был уверен.
Однако царский наместник адмирал Алексеев имел уже на эту должность своего кандидата и воспротивился назначению Васильева. Макаров, хотя и был подчинен Алексееву, на основании предоставленного ему «Морским уставом» права настоял на своем. Алексеев вынужден был уступить.
Настаивая на усилении Тихоокеанской эскадры новыми кораблями, Макаров одновременно принимал меры к тому, чтобы вернуть в строй поврежденные и неисправные суда. Неоценимую помощь в этом оказали прибывшие с Макаровым петербургские рабочие, техники и инженеры. Начались работы по возвращению в строй броненосцев «Ретвизан» и «Цесаревич», было отремонтировано несколько миноносцев, заделаны сотни пробоин на других кораблях. Порт-артурская эскадра пополнялась новыми боевыми единицами.
Обуховцы по собственной инициативе обследовали артиллерийские склады Порт-Артура и, обнаружив около 40 старых пушек, отремонтировали их и установили на батарее Электрического утеса. Макаров почти ежедневно навещал рабочих, интересовался их работой и условиями, в которых они жили.
Особым предметом забот Макарова был уголь.
В Порт-Артуре угля было мало, и Макаров разработал специальную «Инструкцию для сбережения топлива и скорой разводки паров» и требовал ее строгого соблюдения. Приходилось экономить, конечно, и продовольственные запасы.