Ознакомившись с кораблями и личным составом флота, Макаров стал готовить флот к активным действиям.
Пока ремонтировались поврежденные корабли, Макаров часто выходил с эскадрой в море, перенося свой флаг на какой-нибудь из кораблей. Во время учений он внимательно присматривался к эволюциям каждого корабля, изучал способности и возможности командиров и слаженность команд. Всякие недоразумения и неполадки ликвидировались быстро и решительно. Необычное оживление царило на эскадре. Особенно старалась отличиться и быть отмеченной адмиралом молодежь.
«Никогда даже в лучшие дни эскадры Тихого океана не приходилось мне наблюдать такого увлечения, такого подъема духа!» — замечает в своих записках В. Семенов.
«Беречь и не рисковать» — лозунг, прочно привившийся на эскадре до прибытия Макарова в Порт-Артур, приобрел теперь совсем иной смысл. Беречь корабли, беречь флот по-макаровски — значило не уклоняться от боя с противником, а уничтожать его корабли, действовать расчетливо, но решительно, подготовив и собрав все наличные силы в кулак.
Макаров шел на риск вовсе не для того, чтобы показать свою личную храбрость, а с большим расчетом и только тогда, когда иначе поступить было невозможно.
Макарова не смущало то обстоятельство, что ему приходилось обучать флот во время военных действий, буквально под выстрелами врага. «Теперь уже поздно вести систематическое учение и занятия по расписанию, — говорил он. — Помните, что мы не знаем, как считать свое свободное время, данное нам на подготовку к решительному моменту, — месяцами, днями или минутами. Размышлять теперь некогда. Выворачивайте смело весь свой запас знаний, опытности, предприимчивости. Старайтесь сделать все, что можете. Невозможное останется невозможным, но все возможное должно быть сделано. Главное, чтобы все, понимаете ли „все“ — прониклись сознанием всей огромной возложенной на нас задачи, сознали всю тяжесть ответственности, которую самый маленький чин несет перед родиной…»
Для действий Порт-артурской эскадры большое значение имели приливы и отливы. Флот мог выходить на внешний рейд через мелководный пролив только во время «большой воды».
Когда суда из-за «малой воды» не могли выйти в море и стояли скопом в узком внутреннем бассейне, Макаров устраивал между отдельными кораблями состязания в стрельбе по небольшим щитам. Эти стрельбы служили как бы репетицией отражения минной атаки.
Между комендорами возникали горячие споры, кто более искусен в наводке, каждый орудийный расчет старался стрелять лучше другого. Макаров искренне радовался этому, видя, что учения приносят хорошие результаты.
Учитывая, что русские комендоры до той поры совсем не были подготовлены к стрельбе на большие дистанции, Макаров организовал артиллерийские учения, целью которых была тренировка в такой стрельбе. Эти учения, проводившиеся в непосредственной близости от неприятеля, представляют собой любопытную и яркую страницу истории русско-японской войны на море.