Макаров, как никто другой, понимал, что крепость, осажденная с суши и блокированная с моря, нуждается в помощи как полевой армии, так равно и флота и что для успеха дела необходимо полное взаимодействие между армией и флотом. С целью упорядочения этого взаимодействия Макаров учредил должность начальника военного отдела, в задачу которого входила координация действий армии и флота по совместной обороне главной базы Тихоокеанского флота — Порт-Артура.
Мастерски организовав перекидную стрельбу с внутреннего рейда через Ляотешан по кораблям японской эскадры, Макаров установил также дополнительные береговые батареи при входе в гавань.
На подходах к крепости была организована дозорная служба. Регулярно, днем и ночью, миноносцы производили разведку. Стоило теперь противнику появиться в районе Порт-Артура, как вся эскадра во главе с флагманом выходила в море. На эскадре проводились практические стрельбы. На подступах к рейду и крепости выставлялись минные заграждения.
Уже на третий день после прибытия Макарова в Порт-Артур по его инициативе были оборудованы и применены на практике первые в мире минные тральщики. В этом деле Макарову оказал неоценимую помощь капитан 2 ранга К. Ф. Шульц — изобретатель одного из первых тралов, замечательного по простоте устройства и эффективности действия. Шульц был организатором тральных работ в Порт-Артуре; он же руководил и постановкой мин в районе крепости. После русско-японской войны тралы Шульца были приняты на вооружение во всех флотах мира. Не потеряли они своей ценности и в настоящее время177.
По приказанию Макарова в Порт-Артуре был создан специальный отряд тральщиков, так называемый тралящий караван, который должен был выводить эскадру в море через минные заграждения противника. Для этой цели были приспособлены минные крейсера «Всадник» и «Гайдамак» и четыре паровых минных катера. Перед каждым выходом эскадры в море проводилось траление фарватеров и рейдов. К началу августа 1904 года отрядом тральщиков было выловлено на Порт-артурском рейде свыше 260 японских мин.
Пользуясь темными ночами, японцы все время пытались прорваться к Порт-Артуру, чтобы заградить русским кораблям выход из гавани при помощи брандеров и мин. В связи с этим роль дежурного ночного крейсера становилась особенно ответственной. Поэтому Макаров очень часто проводил на крейсере всю ночь, проверял дежурных, устраивал тревоги, часами стоял на палубе, вглядываясь в ночную тьму. Обычно Макарова сопровождал полковник Александр Петрович Агапеев — начальник военного отдела штаба Макарова.
Это был талантливый, образованный и очень умный офицер, с мнением которого Макаров всегда считался и нисколько не скрывал, что действовал иногда по его совету.
Агапеев хорошо знал Дальний Восток и, будучи очень наблюдательным, часто видел то, чего не видели другие. Он не переставал призывать Макарова к бдительности. Серьезные подозрения вызывали у Агапеева курсировавшие без всякой видимой цели в районе Порт-Артура английские пароходы, скрывавшиеся иногда под германским флагом. «Сегодня с утра, — доносил 12 марта 1904 года Агапеев, — к Порт-Артуру приблизился германский пароход, который начал быстро уходить, как только мы выслали дежурный миноносец, и когда он не остановился по данному сигналу, то пришлось пустить в него снаряд, тогда только пароход остановился и его осмотрели. Он оказался английским и на нем корреспондент „Dail Mail“; хотя ничего подозрительного на нем не нашли, а корреспондент подарил даже командиру миноносца фотографии „Корейца“ и „Варяга“ после взрыва, тем не менее, думаю, что там были шпионы. Это уже не первый раз к нам подходят под германским флагом пароходы, и на следующий день бывает атака — это самый безопасный способ разведки"178.
28 марта крейсер «Баян» задержал недалеко от порта Дальний и привел в Порт-Артур английский пароход «Хаймун», на котором находился корреспондент «Times». Пароход был оборудован беспроволочным телеграфом. Это наводило на мысль, что японский штаб пользуется сведениями, получаемыми от подобных пароходов.
Таковы были условия, в которых защитникам Порт-Артура приходилось вести борьбу с неприятелем.