За любое дело, даже если оно казалось совершенно незначительным, Макаров брался с огромной энергией и воодушевлением, работая зачастую по восемнадцати часов в сутки и своей работоспособностью и энергией заражая всех окружающих. «С его приездом, — писал В. Семенов в письме к жене Макарова от 14 марта 1904 года, — эскадра ожила и зашевелилась. Раньше командиров не только не звали для объяснений и разговоров но даже и думать им считалось предосудительным. Теперь их призывают то порознь, то вместе, и все они стали какими-то бойкими и бодрыми!181»
Поднять боеспособность флота, заставить моряков поверить в свои силы Макарову удалось быстро. Его по-настоящему полюбили не только матросы эскадры, но и младший офицерский состав. Нашел он единомышленников и среди старших офицеров флота — командиров кораблей.
Командир броненосца «Ретвизан» капитан 1 ранга Щенснович, командир отряда миноносцев Матусевич, командир крейсера «Аскольд» Грамматчиков, знавший Макарова с детских лет, капитаны 2 ранга Эссен, Юрасовский, Бубнов, лейтенант Криницкий, приехавшие в Порт-Артур вместе с Макаровым капитан 1 ранга Васильев и капитан 2 ранга Шульц и многие другие были смелые решительные командиры, сторонники энергичных действий флота. Все они, помогая Макарову в его начинаниях, направленных к укреплению дисциплины и поднятию боеспособности эскадры, поддерживали и его стремление ликвидировать вражду, существовавшую между офицерским составом армии и флота.
Макаров понимал, что для успеха обороны Порт-Артура с моря и с суши необходимы общие и дружные усилия армии и флота, согласованные действия, направляемые волей командира, сосредоточившего в своих руках командование и сухопутными и морскими силами.
Попытки Макарова объединить армию и флот для решительных боев за Порт-Артур, которые он предвидел, натолкнулись на непонятное для Макарова противодействие со стороны Стесселя, нерешительность и вялость коменданта крепости генерала Смирнова, молчаливую неприязнь со стороны наместника царя адмирала Алексеева, сидевшего в Мукдене и управлявшего военными действиями при помощи маловразумительных телеграмм.
Вскоре в штаб Макарова в качестве начальника военно-морского отдела прислали из Петербурга великого князя Кирилла Владимировича. Иметь в качестве подчиненного члена императорской фамилии, не отличавшегося ни умом, ни тактом и обладавшего только великокняжеской спесью, было для Макарова чистым наказанием.
Однако больше всего беспокоила Макарова бездеятельность и небрежность сухопутного командования в подготовке Порт-Артура к обороне. Система береговых батарей продумана не была. Например, к сооружению батарей на горе Ляотешан приступили только после того, как неприятельская эскадра обстреляла гавань и город перекидным огнем. Из-за отсутствия общей сигнализации и службы оповещения русские береговые батареи несколько раз обстреляли свои корабли, причинив им повреждения. А когда Макаров после одного из таких случаев предложил послать на батареи сигнальщиков с кораблей, Стессель ответил отказом. Все это вместе взятое вывело из терпения Макарова, и он, связавшись через голову Стесселя с командиром крепостной артиллерии генералом Белым, согласовал с ним вопросы взаимодействия береговой и корабельной артиллерии при отражении атак противника.
Еще когда Макаров в поезде подъезжал к Порт-Артуру, он, предвидя возможность атаки крепости с суши, отметил слабость и неподготовленность русских оборонительных позиций у Киньчжоуского перешейка. Теперь он и в самом Порт-Артуре видел вопиющую беспечность Стесселя и бездеятельность Смирнова, не принимавших по существу почти никаких мер к усилению обороны Порт-Артура. Встревоженный этим, Макаров встретился с командиром стрелковой бригады генералом Кондратенко182, саперным инженером по образованию, и обсудил с ним вопросы обороны Порт-Артура (после гибели Макарова этот умный, энергичный и смелый генерал стал душой обороны Порт-Артура).
Знакомство с положением дел на суше все больше укрепляло Макарова в мысли о том, что командование обороной Порт-Артура и всего Квантунского полуострова как с моря, так и с суши необходимо сосредоточить в одних руках. Но Стессель, по мнению Макарова, был для этого непригоден.
Наступали решающие дни русско-японской войны.