Во время похода Макаров обнаружил нефтяные источники. В связи с этим его стала занимать мысль о переходе на нефтяное отопление судов военного флота. Эта мысль не покидала Макарова до конца его дней.
Вернувшись из атрекского похода, Макаров застал приказ о назначении его начальником морской части при войсках, действовавших в Закаспийском крае. Помимо обязанностей начальника морской части, на Макарова было возложено еще общее наблюдение за перевозками всех грузов, прибывавших из Астрахани. Немного позже он был назначен начальником гарнизона в Красноводске, а после отъезда генерал-губернатора Анненкова Макарову были поручены также и дела по управлению Закаспийским военным отделом.
По инициативе Макарова в Петровске и в форте Александровском были оборудованы нефтяные базы.
12 января 1881 года после ожесточенной обороны последний оплот текинцев — крепость и город Геок-Тепе были взяты штурмом. Присоединение Средней Азии к Российской империи было закончено.
Скобелев уехал, а Макарову еще пришлось задержаться на Каспии, эвакуируя войска, а также перевозя больных и раненых. Ко дню его отъезда Красноводская железная дорога была проложена уже на 117 километров, работы продолжались чрезвычайно быстро, и вскоре путь достиг Кизыл-Арвата, расположенного в 224 километрах от моря. Перед отъездом в Петербург Макаров представил командующему войсками Каспийского военного округа подробный проект реорганизации всей морской части в Закаспийском крае.
Участие Макарова в Ахал-Текинской экспедиции не было значительным событием в его жизни, но и здесь проявились характерные для него качества: инициатива, изобретательность, пытливая наблюдательность, блестящие организаторские способности и умение в любом новом для него деле находить то, что надо улучшить, исправить, изменить.
ЗАГАДКА МОРЕЙ
«Существовали одни догадки, а Степан Осипович представил вполне точную, весьма поучительную картину всего, что происходит в Босфоре, во всех его слоях». Академик М. А. Рыкачев
Полный новых впечатлений и идей, приехал Макаров в середине 1881 года в Петербург. Необходимо было покончить с делами и отчетами Ахал-Текинской экспедиции, а затем приступить к разработке проекта миноносца. Но Макарова отрывают от намеченной им работы и посылают снова на Черное море — в столицу Турецкой империи Константинополь командиром стационера «Тамань"49, находившегося в распоряжении русского посольства. Это полудипломатическое назначение Макаров получил не случайно. В незадолго до этого закончившейся войне „Константин“ и его команда были грозой для турецкого флота. Поэтому назначение Макарова рассматривалось в Константинополе как еще одно подтверждение курса „твердой политики“ по отношению к Турции со стороны царской дипломатии. Должность командира стационера не требовала особого напряжения и считалась в те времена скорее почетной. У Макарова появилась, таким образом, возможность отдохнуть от вечно напряженной обстановки, обычной на военном корабле.
Но бездеятельности Макаров не любил, и желания отдыхать, ничего не делая, у него никогда не было. Лучшим отдыхом для него было чередование одного занятия с другим. Стремление вносить во все, с чем он сталкивался в жизни, как в малое, так и в большое, точность и ясность, привычка не проходить равнодушно мимо любопытных, неразгаданных «явлений — таковы были характерные черты Макарова. И вскоре здесь, в Константинополе, он нашел себе занятие по душе.