Макарову исполнилось только шестнадцать лет, но он был уже настоящим моряком, изучившим морское дело. И если бы после первых вахт на «Александре II» Макарову предложили стать командиром небольшого парохода, он, вероятно, не отказался бы.
По возвращении домой он тотчас отправился к контр-адмиралу Казакевичу и вручил ему письмо Попова. Прочитав его, Казакевич выразил уверенность, что все сказанное в письме о его подателе не комплимент, а сущая правда. Слово Попова в то время имело значительный вес, и Казакевич почувствовал немалое удовлетворение, прочитав характеристику рекомендованного им питомца.
Училище отметило успехи Макарова поощрительным мероприятием: ввиду недостатка учителей старшему воспитаннику Степану Макарову было поручено заниматься с младшими учениками. Вряд ли Макаров был особенно доволен таким поощрением. Еще менее радовало его назначение зимой 1864/65 года фельдфебелем училища. Фельдфебелю была дана власть наказывать по своему усмотрению провинившихся. Вначале Макаров был довольно мягок и старался воздействовать уговорами, но когда увидел, что старшие воспитанники демонстративно не желают признать в нем начальника и упорно стараются поддерживать дурную славу училища, он решил со всей строгостью применять предоставленное ему право. И хотя фельдфебеля стали слушаться, сам он чувствовал себя неважно.
После долгого перерыва Макаров снова смог приступить к систематическим занятиям и работал серьезно и упорно. Преподавание в училище его, конечно, не удовлетворяло, и он всячески стремился расширить свои познания чтением книг не только по специальности, но и общеобразовательных.
Свои мысли, переживания и планы Макаров неизменно поверял лучшему другу юности — дневнику. «Я ужасно привязался к моему дневнику, — пишет он, — все хочется мне что-нибудь писать, даже когда уже совершенно слипаются глаза. Да! Великое дело дневник! В особенности, когда нет друга, кому бы можно было высказать, кто бы мог посоветовать что-нибудь».
Прав С. Григорьев, изображая Макарова в своей повести «Победа моря» обыкновенным мальчиком со всеми особенностями, присущими этому возрасту, одержимым романтическим влечением к морю, отчасти под влиянием примера отца-моряка. Что же касается Макарова — ученика Николаевского училища и Макарова-юноши, то следует отметить, что он, безусловно, отличался от своих сверстников. Необычайно вдумчивый, самолюбивый и впечатлительный, солидный в поведении, постоянно занятый анализом собственных поступков и мыслей, сторонящийся пошляков, он невольно обращал на себя внимание. И надо отдать должное начальникам Макарова, принявшим в нем участие: они многое сделали для него — как на избранном им поприще, так и в его жизни вообще.
Переходный юношеский возраст, полный нередко тяжелых душевных кризисов, протекает у каждого по-разному. У Макарова этот критический период протекал очень остро. Но благодаря природной твердости характера и выдержке он держал себя в руках и не распускался. Дневник и книги были лучшим для него утешением. Макаров всегда любил чтение, читал самые разнообразные книги — и научные, и путешествия, и исторические, зачитывался русскими классиками, особенно Тургеневым и Пушкиным.
Близилось время сдачи выпускных экзаменов. Воспитанники училища усиленной зубрежкой старались наверстать упущенное. Занимались с утра до ночи. Но Макарову нечего было бояться, он знал все настолько основательно, что учителя, уверенные в его знаниях, ставили ему хорошие отметки, даже не спрашивая его. Но сам он не считал свои знания достаточными. «Я не ленюсь, — записывает он в дневнике, — а постоянно занимаюсь, но зло в том, что я сразу берусь за все, а гоняясь за двумя зайцами, ни одного не поймаешь. Эх, ежели бы я имел с моего раннего возраста хорошего наставника, который мог бы установить твердо мой характер и заставить меня прямо и неуклонно следовать по одному направлению, не блуждая то в ту, то в другую сторону».
Незаметно подошло время экзаменов. Макаров отлично сдал все предметы и окончил училище первым. Адмирал Казакевич поздравил его и сообщил, что сделал представление в Петербурге о производстве его за отличные успехи, способности и поведение не в кондукторы флотских штурманов, которых выпускает Николаевское училище, а в корабельные гардемарины, что дает ему возможность стать Мичманом, а затем поступить в морскую академию. Предварительно же ему необходимо было летом идти в учебное плавание.
Вскоре Макарова назначили на транспорт «Америка». Плавание началось неудачно. По причине сдвижки льдов пароход «Америка», вышедший в плавание очень рано, сел на мель, да так основательно, что потребовались сложные и продолжительные работы, чтобы спасти корабль.