Когда 24 февраля 1904 года Макаров прибыл в Порт-Артур и вступил в командование Тихоокеанским флотом, он уже располагал сведениями о наличии у японцев подводных лодок.
15 марта Макаров отдал по эскадре следующий приказ: «В случае, если с какого-нибудь судна или миноносца будет усмотрена подводная лодка, надо тотчас же поворачиваться к ней носом или кормой, чтобы представлять меньшую цель для мины Уайтхеда, а если виден след лодки, то и продолжать поворачиваться, по мере ее движения».
Эта инструкция была первой в мире инструкцией по борьбе с подводными лодками.
Но Макаров отнюдь не считал, что борьба с вражескими подводными лодками должна ограничиться только обороной. Наряду с другими средствами он предлагал бороться с подводными лодками с помощью артиллерии и тарана. А когда в Балтийском флоте начали испытывать первую русскую подводную лодку современного типа, Макаров попросил срочно выслать ее в разобранном виде в Порт-Артур для участия в активных действиях против неприятеля. Но в морском министерстве эту просьбу расценили как очередное «сумасбродство» беспокойного адмирала и удовлетворить ее отказались.
Макаров был горячим сторонником практического применения радио на кораблях русского военно-морского флота. 30 июля 1902 года в газете «Русские ведомости» появилось даже сообщение о том, что главный командир Кронштадта С. О. Макаров разрабатывает проект организации на кораблях беспроволочного телеграфа. Однако этот проект Макарову осуществить не удалось: министерство не отпустило денег. Не дали денег Макарову даже на то, чтобы оборудовать радиоустановку на «Ермаке», хотя для этого требовались очень незначительные затраты.
Но Макаров упорно продолжал добиваться внедрения радио в практику русского военно-морского флота. Будучи назначен командующим Тихоокеанской эскадрой и находясь уже на пути в Порт-Артур, Степан Осипович 13 февраля 1904 года снова обратился с письмом к управляющему морским министерством, указывая на необходимость срочно установить на миноносных кораблях Тихоокеанской эскадры приборы беспроволочного телеграфирования, которые могли бы действовать на расстоянии не менее десяти миль. На этот раз в министерстве согласились с доводами Макарова. Морской технический комитет, учитывая, что на Дальнем Востоке начались военные действия, признал возможным немедленно приступить к изготовлению восемнадцати приборов для установки их на шестнадцати миноносцах и на крейсерах «Всадник» и «Гайдамак».
7 марта 1904 года, по прибытии в Порт-Артур, Макаров отдал приказ по эскадре, в котором подробно излагались способы использования радиоприемной аппаратуры кораблей для определения направления на противника. В приказе прямо говорилось, что «беспроволочный телеграф обнаруживает присутствие, а потому теперь же поставить телеграфирование это под контроль».
Мероприятия адмирала Макарова в области радиотелеграфной связи, осуществлявшиеся им полвека тому назад, способствовали тому, что вскоре на кораблях по радиосигналам научились не только узнавать о приближении противника, но подчас и расшифровывать его телеграммы.
Макаров хорошо знал военное наследство выдающегося русского полководца А. В. Суворова, внесшего ценнейший вклад в сокровищницу отечественной и мировой военной науки и доказавшего всему миру, что русская военно-теоретическая мысль не является пленницей иностранных влияний, что она оригинальна и вполне самобытна.
Влияние Суворова отразилось во многих положениях «Тактики» Макарова. Макаров указывал, что суворовские «три искусства» особенно необходимы для моряка. Глазомер — это хороший морской глаз, умение ориентироваться, ибо на войне моряк должен по отрывочным и зачастую неточным данным представить себе всю обстановку, чтобы быстро принять правильное решение.