Ушаков в течение 6 недель занял ряд небольших островов Ионического архипелага, а затем приступил к овладению крепостью на острове Корфу, считавшейся неприступной морской твердыней. Французский гарнизон этой крепости насчитывал около 3 тысяч человек при 650 орудиях.
Русские моряки, находившиеся далеко от родины, испытывали недостаток в самом необходимом, в особенности в продовольствии и снарядах. Ушаков писал о положении моряков своей экспедиции: «Из всей древней истории не знаю и не нахожу примеров, чтобы когда какой флот мог находиться в отдалённости без всяких снабжений и в такой крайности, в какой мы теперь находимся».
Однако трудности не остановили Ушакова и его доблестных моряков. Матросы доверяли своему командиру так же, как солдаты доверяли Суворову. Ушаков прекрасно подготовил штурм крепости. В феврале 1799 года соединённый русско-турецкий флот высадил десант на острове Видо и начал штурм передовых укреплений Корфу. 20 февраля крепость со всеми кораблями, стоявшими под её защитой, капитулировала.
Получив известие о блестящей победе Ушакова, Суворов с восхищением воскликнул: «Великий Пётр наш жив… Ура! Русскому флоту! Я теперь говорю самому себе: зачем не был я при Корфу хотя мичманом?».
За взятие Корфу Ф. Ф. Ушаков был произведён в адмиралы. Быстрое занятие русскими Корфу произвело огромное впечатление во всей Европе.
Греческое население восторженно встречало русских освободителей. Ушаков предоставил населению право самому избирать свои органы управления и вместе с местными патриотами выработал конституцию Республики Ионических островов.
После освобождения Корфу Ушаков со своей эскадрой пришёл в неаполитанские воды и отправил отряд для освобождения Рима. Римское население также с восторгом встретило русских освободителей.
Ушаков считал необходимым после этого итти на остров Мальту против основных сил Наполеона, но неожиданно получил приказ императора Павла I немедленно вернуться в Россию. Возвращаясь на родину, Ушаков вновь посетил остров Корфу. Сенат новой республики на торжественном собрании объявил Ушакова «отцом и спасителем народа» и от имени народа преподнёс русскому адмиралу богато украшенный щит, золотой меч и медаль, выбитую в честь Ушакова.
Но царское правительство совершенно иначе оценило «самоуправные» и «крамольные» (опасные для царского правительства) действия русского адмирала. Ушаков был уволен в отставку и 2 октября 1817 года умер, как и Суворов, в одиночестве и изгнании. Советский народ воздал должную славу великому русскому флотоводцу, учредив в дни Великой Отечественной войны орден и медаль Ушакова.