В 1511 г. Магеллан участвует в экспедиции Антониу д’Абреу, посланной из Малакки к Молуккским островам.
Флотилия д’Абреу дошла до островов Банда, где в изобилии произрастали мускатные орехи. Скупив огромное количество орехов, д’Абреу поспешил возвратиться назад в Малакку. Только один корабль под командой Франсишку Серрана отправился дальше, к Молуккским островам. Серран высадился на острове Тернате, родине лучшей в мире гвоздики, и здесь надолго обосновался, сделавшись советником местного султана. С Серраном Магеллан состоял затем в переписке. Мы увидим дальше, что сведения, полученные Магелланом из Тернате, оказались для него далеко не бесполезными.
Между тем на целых два года следы Магеллана теряются. Арагонский историк XVI века Архенсола сообщает, что Магеллан побывал на каких-то островах, расположенных в 600 лигах (т. е. около 3000–3500 км) от Малакки. Будучи там, он переписывался с Серраном, который якобы звал его к себе на остров Тернате.
Один из испанских историков XVI столетия, Овьедо, указывает, что Магеллан, отправляясь в свое знаменитое плавание, оставил в Индийском Совете записку, в которой упоминалось о его пребывании в Восточных Индиях и на Островах Пряностей.
Неизвестно, однако, побывал ли он в этих краях сам или собрал о них сведения, находясь в Малакке.
Бесспорно, однако, что в конце 1513 г. Магеллан появляется в Португалии.
Его сбережения погибли: их присвоили себе наследники одного португальского купца, с которым вел торговые дела Магеллан. Его родовое поместье было разорено. Магеллан снова поступает на военную службу и сражается в Марокко. Он становится жертвой интриг своих же собственных соратников и, несмотря на отвагу, проявленную в боях, не только не получает благодарности, но и навлекает на себя немилость командующего португальской армией. Король отказывает ему в пенсии, темные слухи о бесчестных сделках с маврами сопутствуют Магеллану после его возвращения из Марокко.
Вероятно, в 1515–1516 гг., вернувшись в Лиссабон, Магеллан разработал свой проект плавания юго-западным путем к Островам Пряностей.
Этот проект был категорически отвергнут королем Мануэлем, и Магеллан оставил Португалию. 20 октября 1517 г. он прибывает в Севилью с тем, чтобы осуществить свой замысел на службе у испанской короны.
В Севилье Магеллан попадает в колонию португальских эмигрантов. Он знакомится здесь с комендантом севильской крепости (Алькасара), старым португальским воином Дьогу Барбозой и с его сыном Дуарте, впоследствии одним из участников кругосветного плавания.