Гимназия была окончена. Иоганн был непрочь поучиться еще, он мечтал об университете и науках, но… в его кошельке не было даже медных монеток.
— Иди к нам, — все настойчивее и настойчивее твердил доктор математики, он же монах Франц. — Ведь вот я, — он показал на себя. — Кто я? Монах! И я же — математик. Ты будешь монахом и будешь изучать науки. Тебе никто не запретит этого, наоборот… В Брюннском монастыре недавно умер ботаник Аврелий Таллер. Разве ему мешали заниматься ботаникой? Ничуть! Он даже устроил при монастыре ботанический сад…
Иоганн решился.
В 1843 году он двадцатилетним юношей поступил послушником в Августинский монастырь Фомы в Брюнне. Тяжелые монастырские ворота гулко захлопнулись, а перемена имени — теперь он был уже не Иоганном, а Грегором — подтвердила его разрыв с делами мирян.
Высокие стены отделяли монастырь — «королевский монастырь», как его называли горожане — от города. Он находился почти посредине старого Брюнна, но его стены были так толсты и высоки, что городской шум и суетная жизнь мирян не могли ворваться в каменные кельи. Сады и питомники, оранжереи и даже небольшой лесок тесным кольцом охватили монастырь. И в этом двойном кольце — кольце зелени и обомшелых стен — монастырь казался островом, таинственным и недоступным. Он жил своей жизнью, жизнью, так не похожей на жизнь города. В эту жизнь и вошел послушник Грегор. Он засел за богословские книги, и через несколько лет звон колоколов возвестил городу, что 25-летний Грегор превратился в «патера Грегора».
Если Грегор Мендель и был неплохим послушником, то все же из него не получилось хорошего патера. Науки интересовали его больше, чем охота за душами грешников.
«Мендель, принявший в монашестве имя Грегора, мало приспособлен для забот о душе, им овладевает непреодолимый страх при виде постели больного, страждущего или умирающего, он сам от этого опасно захворал», — вот что писал о Менделе прелат Напп брюннскому епископу.
— Позвольте мне заняться педагогической деятельностью, — обратился Мендель с просьбой к настоятелю монастыря.
— Хорошо, — ответил суровый прелат. — Иди и учи! Но помни, кто ты, и помни, что кроме наук есть нечто более высокое…
Патер Грегор получил место преподавателя физики и математики в гимназии маленького городка Цнайма. Но от преподавателя гимназии требовался особый диплом, а для этого нужно было сдать экзамены. У Менделя диплома, конечно, не было, но его все же допустили к преподаванию, допустили как «супплента», т.-е. временного преподавателя.