Андрей, благополучно совершив путь, водворился во Владимире. Ему было тогда под пятьдесят лет. У него было несколько детей — двое взрослых сыновей и дочь. Отец оставил его, кажется, в покое. Хотя старику тяжело было лишиться такой твердой опоры, но возле него оставалось еще много доблестных сыновей… Он, впрочем, недолго прожил в Киеве без Андрея, и через два года скончался, накануне новой опасности, когда новый враг уже стоял перед Киевскими воротами (1159). Андрей сотворил по нему «великую память».
Ростовцы и суздальцы посадили Андрея на отчем столе в Ростове и Суздале, «занеже, сказано в летописи, бе любим всеми за премногую его добродетель, юже имеяше к Богу и ко всем сущим под ним». А впрочем, эти княжества, по завещанию Юрия, должны были принадлежать его младшим детям.
Этих последних Андрей вскоре выгнал, вместе с мачехой, второй женой Долгорукого, и ближними мужами отцовскими, «желая быть самовластец всей земли», а может быть, вместе и в исполнение воли избравших его городов. Княгиня, гречанка родом, отправилась в свой родной город Константинополь, и сын ее, Василько, получил себе в удел от императора четыре города по Дунаю.
Десять лет Андрей спокойно прожил в своем княжестве, приводя в порядок хозяйские дела, ладя с соседями, укрепляя силы для будущих действий, строя церкви и украшая зданиями свой стольный город.
В 1158 г. он заложил во Владимире церковь Успения Божией Матери «об едином верхе» и дал ей много имения, слободы, купленные с данями, лучшие села, десятину в стадах своих и десятый торг. Через два года она была завершена. Андрей украсил ее дивно многими иконами, сосудами и дорогими каменьями, а верх ее позолотил. «Из всех земель, сказано в летописи, по вере его и по тщанию к Святой Богородице, пришли к нему мастера и украсили ее паче всех церквей». Через год она была расписана. На икону Покровительницы своей он пожертвовал более 30 гривен или фунтов золота, кроме серебра, крупного жемчуга и дорогих каменьев, и поставил ее в новосозданном храме.
В 1164 году он соорудил церковь на Золотых воротах, построенных им по образцу и в воспоминание о Ярославовых Золотых воротах в Киеве.
Он также окончил церковь Святого Спаса, начатую его отцом, и несколько монастырей.
Город Владимир заложил больше прежнего.
Десятилетнее спокойное княжение его во Владимире было возмущено только ересью Леонтья, епископа, которого он изгнал прежде вместе с братьями, а потом принял в Ростов, вместо Суздаля: Леонтий начал запрещать скоромное в господские праздники, даже в Рождество и Крещение, если они придутся в среду или пятницу. Великий князь просил у него разрешения на мясо от Воскресения до недели Всех Святых. Епископ дозволял только на Святой неделе. Произошла «великая тяжа между духовными» перед князем и всеми людьми. Суздальский епископ Феодор доказывал Леонтию неосновательность его заповеди, но тот не хотел слушать и уехал за решением в Царьград. На Дунае, в ставке императора Мануила, в присутствии послов суздальского, черниговского, переяславского, киевского решено было, к удовольствию князя Андрея, болгарским святителем Адрианом, это важное прение, растревожившее весь русский православный мир. Леонтий, однако, не был убежден и противоречил столь дерзко, что вельможи греческие хотели утопить его в Дунае (1164).
Другой остовский епископ, Феодор, ослушался Андрея, не захотев ехать в Киев ставиться. Летописи рассказывают ужасы о его жестокостях: много пострадали люди, говорят они, в его держание, не только простцы, но даже монахи, игумены, священники: он брил им головы и бороды, выжигал глаза, вырезал языки, распинал по стене, заточал, предавал работе и мучил немилостиво, «хотя восхитити от всех имений, несытый, как ад». В ответ на увещания князя, он затворил все церкви во Владимире, и ключи взял к себе, так что не было нигде ни звона, ни пения, даже у самой Богородицы Владимирской. Князь, выйдя из терпенья, послал Феодора судиться к митрополиту Константину в Киев. Тот обвинил его во всех грехах, велел отвести на Песий остров, где отсекли ему правую руку, вырезали язык и вынули очи: «зане хулу измолви на Святую Богородицу» (1164).