Ярослав послал Мишу звать псковичей: «Выдайте, кто меня вам обадил, и идите со мною в путь. Я не мыслил никакого зла на вас». Псковичи прислали к нему Гречина: «Княже, кланяемся тебе и братьям Новогородцам, на путь нейдем, и братьи своей не выдаем, а с Рижанами мы взяли мир. К Колываню вы ходили, серебро получили, а правды не сотворили, ушли в Новгород не взяв города, а в Кеси также, в Медвежьей голове также. За то наши братья избиты на озере, другие уведены в плен. Вы раздразнили врагов, да и прочь. Думаете ли идти на нас, мы против вас со Святою Богородицею и с поклоном. Ступайте, иссеките нас, жен и детей возьмите себе в плен, а не лучше погании, — кланяемся».
Новгородцы также отказались: «Мы без братьи своей Псковичей на Ригу не пойдем, а тебе кланяемся». Ярослав никак не мог их уговорить и должен был отпустить свои полки домой. Тогда и псковичи отпустили призванных немцев, чудь, летголу, ливь, а сторонников Ярослава выгнали из города: «Идите к вашему князю, вы нам не братья».
Ярослав в досаде ушел из Новгорода со своей супругой, но, не желая упустить из рук прибыльное княжество, оставил там двух своих сыновей, Федора и Александра, с Федором Даниловичем и тиуном Якимом.
К пущему горю настало в Новгороде ненастье; дождь шел день и ночь, и от Госпожина дня до Николина не видели жители ни одного светлого дня. Народ приписал это бедствие архиепископу Арсению, который подкупил будто князя, отстранив Антония, заключившегося в Хутынском монастыре. Созвали вече на Ярославовом дворе, вытолкали архиепископа за ворота, и он насилу спасся в церкви Св. Софии. На другой день пошли на Хутино, взяли оттуда больного Антония и ввели на владычен двор, приставив к нему двоих мужей; потом во оружии пошли с веча на тысяцкого Вячеслава, разграбили двор его и многих других сановников за то, что они наводят будто князя на зло. Липенского старосту хотели повесить, и он едва спасся на двор к князю, а жена его попала им в руки. Тогда же отнято тысяцкое у Вячеслава и отдано Борису Негочевичу, а князю Ярославу дано знать: «Приезжай к нам, забожничье (налог церковный) отложи, судей по волости не рассылай, и клянись нам на всей воле нашей и на всех грамотах Ярославовых, ты наш князь, или ты себе, а мы себе».
В ответ на это требование князь велел сыновьям своим, вместе с их приставниками, оставить Новгород, и они удалились ночью сыропустной недели во вторник (1229). Новгородцы говорили: «Мы их не гнали и князю никакого зла не сотворили; мы свою братью только казнили. Он, видно, задумал лихо на Святую Софию, Бог с ним, мы себе князя промыслим». Поклялись все быть за один, и послали в Чернигов Хота Станимировича и Гаврилу с Лубяницы, которых не пропустил князь смоленский по научению Ярослава.
Михаил, однако же, был тогда в Брыне с сыном, узнал о желании новгородцев и поспешил в Торжок на вербницу, а в Новгород прибыл под конец Фоминой недели.
Новгородцы были довольны, и Михаил поцеловал крест на всей воле новгородской и на всех грамотах Ярослава. Он дал свободу смердам на пять лет не платить дани; кто сбежал в чужую землю, тому платить, кто где живет, по уставу прежних князей.
На Ярославовых любимцах и на городищанах новгородцы взяли много кун, но дворов их не грабили, и определили собранное на великий мост, отняли посадничество у Иванка Дмитриевича и дали Внезду Водовику. Иванко был послан в Торжок, но новоторжцы его не приняли, и он ушел к Ярославу, с которым вражда не прекратилась, ибо он не хотел отказаться от Новгорода.
Между тем, архиепископ Антоний, больной и немощный, не мог управлять церковными делами. Михаил сказал новгородцам: «Нелепо быть городу без владыки. Выберите, кого вам угодно». Одни указывали на Иосафа, епископа волынского, другие на какого-то грека, многие на диакона Спиридона при церкви Св. Георгия. Князь подал совет положить три жребия на святую трапезу: «Изволи Бог служителя себе и пастуха словесных овец Новугороду и всей области его». Княжич Ростислав вынул жребий — Спиридонов.
К Ярославу послал он Нездилу Прокшинича и Иванка Тудорковича с речами: «Отступись Волока, вороти, что ты силою зашел Новогородскаго, и поцелуй на том крест». Ярослав отвечал: «Волока не отступаю и креста не целую: вы себе, а я себе», и продержал послов у себя все лето.