На новом месте о. Паисий стал утверждать чин общего жития, по уставу Василия Великого и Феодора Студита.
В церкви завел он пение, ради разноязычия братии, — на правом клиросе русское, а на левом — молдавское. Слова мое, твое, были изгнаны из монастыря, все имущество, утварь и одежда считались монастырскими. Трапеза была всем общая, кроме больных. Все работы исполнялись братиею.
На общих послушаниях, на которые часто выходил и о. Паисий, соблюдалось молчание, и творилась немая молитва. Особенное внимание было обращено на то, чтоб братия не была праздна, в чем начало всякого зла. В келлиях они должны были читать Священное Писание и класть поклоны; вечером было установлено ежедневное откровение помыслов. Гневавшихся не пускали и на порог церковный, и не позволяли читать молитву Господню, пока не смирятся. Для больных была устроена больница, и доверенный к старцу монах, ею заведывавший, мог приходить и во всякое время брать без спросу в его келлии, сколько потребуется денег для успокоения больных.
В зимнее время, с начала Рождественского поста, о. Паисий поучал своих учеников чтением переведенных им святоотеческих творений. Чтения эти, продолжавшиеся до Лазаревой субботы, совершались ежедневно, кроме праздников, по вечерам, в трапезе, самим старцем. Вместе с чтением, о. Паисий произносил от себя исполненные воодушевления поучения. Говоря о добродетелях монашеских — вечном плаче о грехах, теплом умилении, распаляющей жажде правды, он предостерегал учеников от того, что могло извратить дух монастыря: нерадения, любостяжания и заботы о внешнем, о поведении других более, нежели о своей душе. Особенно же боялся о. Паисий для своего монастыря страсти вещелюбия, склонности иметь свою собственность, что совершенно противно всем началам общежития.
По отношению к братии о. Паисий был любвеобильным отцом и мудрым наставником. Всякому он умел предложить именно то поучение и то утешение, в котором кто нуждался, и со всяким обращался так, как того требовало устроение человека. Мягкость и твердость, просьба и настояния, суровость — все было в его руках разнообразными и действенными орудиями, смотря по человеку. Часто случалось, что, ведая по откровению Божию, зачем пришел к нему брат — старец первый заводил о том речь. С простецами говорил старец просто; с разумнейшими касался высочайших истин. Не было в нем никогда скорби и гнева о погибели внешних вещей, внешних препятствиях, скорбел же о преступлении заповедей. Как незлобивое дитя был он, безмятежный и бесстрастный старец. Келлия его была открыта для братии весь день, до девятого часа, и всякий шел к нему беспрепятственно.
В таких условиях процветало в Драгомирне житие монашеское; были там иноки совершенной жизни, были заблуждавшиеся и снова каявшиеся; были лишь приступавшие к исправлению, но все горели ревностью, и радовался о. Паисий, и ободрял их, повторяя слова апостольские: "Чада, не унывайте, куплю деюще. Ныне время благоприятно. Ныне день спасения".
В 1774 г. та часть Молдавии, где находится монастырь Драгомирна, перешла к Австрии, и о. Паисий испросил у господаря Григория Гики и митрополита позволение занять монастырь Усекновения Главы Иоанна Предтечи, называемый Секул. С великою скорбью простившись с местами долговременных подвигов, старец со всею братиею переселился на новое место. Секул был расположен на тесном месте, у подошвы высокой горы, у ручья; подъезд к нему был труден, особенно во время разлива ручья; но, по безмолвию своему, место это было удобно для монашеской жизни. Крайняя теснота принудила о. Паисия обратиться за помощью к князю Мурузи, который, посоветовавшись с главнейшими сановниками, настаивал на том, чтобы старец переселился с тою частью братии, которая не вмещалась в Секул, — в монастырь Нямец, в двухчасовом от Секула расстоянии, оставляя за собою и Секул. Многих и долгих слез и сильных нравственных страданий, — так что братия боялась за жизнь старца, — стоило о. Паисию это приказание. Нямец, по материальной обеспеченности своей, пользовавшийся слишком большой известностью и посещаемый богомольцами, во множестве приходившими на поклонение чудотворной иконе Божией Матери, — не представлял удобных условий для строгой иноческой жизни. С великою скорбью водворился о. Паисий в Нямце.
На новом этом месте, уже последнем житейском пристанище своем, о. Паисий, так же, как и прежде, продолжал поучать братию, которой было в Нямце до 400, и в Секуле до 400 человек, устроил больницу, о малейших нуждах которой неотступно заботился, успокаивал странников. Раз в год, на 10 дней к празднику Усекновения главы, отправлялся он в Секул, для пользы монастыря и братии. Когда же в Нямце со всех сторон сходился на праздник народ, он, в хлопотах о успокоении богомольцев, не знал отдыха. Назначив опытных иноков для приема богомольцев, он не закрывал дверей своей келлии, и множество народу приходило к нему тогда.
В 1790 г. архиепископом Амвросием, прибывшим с армией Потемкина в Яссы, — о. Паисий был возведен в архимандриты.
Последние годы жизни о. Паисия прошли в тех же неустанных трудах. Он не имел утешения видеть в своем монастыре то высокое воодушевление и отрешенность от земных забот, которыми украшались все ученики его во время пребывания в Драгомирне: достаток, молва и мятеж оживленного места наносили великий ущерб духовному делу.