Несомненно, что уже в те годы молодой послушник начал борьбу с мысленными врагами, которые не оставляют в покое строгих к себе иноков, и с духом печали, скуки, уныния, действия которого он ясно описал в годы своего старчества. Он боролся и постоянным наблюдением над собою, и трудовым распределением своего времени.
К службам церковным он приходил как можно ранее и неподвижно выстаивал непременно всякое богослужение до самого конца. В свободное время он не ходил по келлиям, а уединялся у себя, предаваясь чтению и телесному труду. Читая духовные книги, Прохор старался в мыслях все сказанное в них применять к человеку и разным его отношениям — отсюда умение его впоследствии осветить всякое жизненное положение ясным решением, согласным со словом Божиим.
В часы, свободные от духовных занятий, Прохор работал — вырезывал кресты из кипарисного дерева для благословения богомольцам. Во время работы он всегда, не переставая, творил про себя Иисусову молитву: "Господи, Иисусе Христе Сыне Божий, помилуй мя грешного!"
Точное исполнение монашеских послушаний, усердная церковная молитва, духовное чтение и труд не могли утолить в Прохоре ту жажду строгой пустыни и тяжелого подвига, которая наполняла его душу.
Вокруг Сарова, в глубине монастырского леса, не далеко друг от друга, жили пустынники, удалившиеся на полное уединение из монастырской ограды. По благословению своего старца Иосифа, и молодой Прохор стал в свободные часы уходить в лес для одинокой молитвы. В чаще леса он устроил себе шалаш и там погружался в созерцательную молитву.
Тут, в пустыни — вдали от всех людей, он с умилением погружался в свой молитвенный подвиг, среди природы, раскрывавшей ему величие Творца, под небом, сиявшим звездами, из которых каждая говорила ему о невыразимой небесной славе. В это же время он усилил пост: в среду и пятницу не вкушал вовсе пищи, а в другие дни недели принимал ее по одному разу.
Необыкновенное уважение, которое вселил к себе среди саровских старцев молодой Прохор, выразилось ясно во время его тяжкого недуга.
В 1780 году он жестоко заболел. Тело распухло, болезнь не поддавалась никаким средствам; врача не было; по-видимому, это была водянка. Безропотно в продолжение трех лет послушник выносил сильные страдания, плакал, молился. Его старец Иосиф, строитель Пахомий, старец Исаия ходили за ним, находясь при нем почти неотлучно.
Болезнь приняла самый опасный оборот, строитель советовал пригласить врача или открыть кровь. Прохор отказался.
Старец Иосиф особо отслужил о здравии Прохора всенощную и литургию; братия была в сборе. Прохора исповедывали и приобщили.