Архимандрит Филарет (впоследствии митрополит московский) еще раньше советовал Иннокентию быть осторожнее в своем неодобрении так называемого "духовного христианства". — "Нам, двум архимандритам, говорил он, не спасти Церковь, если в чем есть погрешности, а лучше обращаться к митрополиту, которого голос имеет более силы, нежели наши оба". Но Иннокентий держался того мнения, что должно поступать прямо, не заботясь, увенчается ли исполнение дела успехом.
"Не говорить — так писал он потом — правды тому, кому должно, значит из страха робеть или из человекоугодия по-видимому терпеть: не говорить, потому что не видишь успеха. Успех не наше дело, а Господне; наше дело свидетельствовать потому во славу Господню".
Книга была издана и вызвала негодование и месть князя Голицына, и раньше весьма хорошо знавшего несочувственное отношение Иннокентия к так называемому "духовному христианству".
Автор книги, бедный, беззащитный человек, был выслан из Петербурга; на книгу наложен Высочайший запрет (6 января 1819 г.) "с тем, чтоб сделан был строжайший выговор за неосмотрительность по пропуску сочинения, стремящегося истребить дух внутреннего учения христианского. Автор к суждению о бессмертии души привязал защищение нашей Греко-Российской Церкви, тогда как никто на нее не нападает. Книга сия совершенно противна началам, руководствующим христианское наше правительство по гражданской и духовной части".
Было ясно, что и Иннокентию не долго придется оставаться в Петербурге.
Через шесть лет на имя Министра Народного Просвещения — истинно русского человека — А. Н. Шишкова, последовал указ, где сказано: "Многие, к вере относящиеся книги, часто содержащие ложные и соблазнительные о священном писании толкования, печатались в частных типографиях без всякого Синодского рассмотрения и, напротив, книги, в духе нашей православной веры написанные, подвергались строгому запрещению. Таким образом и книга под названием: "Беседа на гробе младенца о бессмертии души" была запрещена и отобрана. Потому, выше означенную книгу, запрещенную, ныне митрополитом рассмотренную и одобренную, повелеваем дозволить печатать и продавать". Так разрешилось это грустное недоразумение, вызванное ложною ревностью.
Чувства Иннокентия во время воздвигнутого на него гонения можно видеть из писем его к одному преданному ему лицу: "Приятно, — пишет он 7 января, — приятно слышать обвинения в том, к чему отнюдь не причастен и в чем успокаивает совесть". От 8 января: "Выговора еще не слышу, тем более слабеет слабая душа моя. Видясь с князем во дворце в Крещение, заметил я, что он глубоко оскорблен. — Но, между нами сказать, — молился я за него во время приношения Господу бескровной жертвы, и не знаю, отчего, с умилением сердечным, слезным — так Бог послал, — и смягчилось сердце… Если между мною и князем А. Н. не будет мира, то трудно мне являться в собрание к нему, и ему трудно будет терпеть меня. Таким образом, я как сор петербургский, как умет духовный, должен быть выброшен из Петербурга. Если и то угодно Господу, то, верно, к пользе общей, других и моей… Жаль, очень жаль, что бедный сочинитель, коего сочинение мною пропущено, в 24 часа выслан из города. Этому и я, безрассудный грешный, причиною. Если бы не пропускал его книги, он был бы в своем месте, при должности и в покое".
Архимандрит Иннокентий был назначен на Оренбургскую кафедру и 2 марта рукоположен во епископа в Казанском соборе. При посвящении лицо его сияло духовною радостью. Вечером в келлии своей он сказал пришедшему к нему иноку: "Я раб недостойный, а почтен святейшим саном!" — и воспел благодарственную песнь Владычице: "Свет превечный!" потом "Се жених грядет в полунощи". Глаза его были полны радостных слез. Наконец, он в восторге запел: "Чертог Твой вижду, Спасе мой!"
Между тем здоровье Иннокентия все ухудшалось. "Мой путь до Москвы недалек, — писал он, — а смерть еще ближе. Когда придет, неизвестно, а известно, что нечаянно".