Три месяца должен он был прожить в Москве. Болезнь его была, по-видимому, водяная. Сперва во многом он терпел недостаток; но потом его окружили заботы благочестивых лиц, тронутых положением гонимого страдальца. Так сбылись слова странника. Особенно много помогла незабвенная православною ревностью графиня А. А. Орлова. Вообще, много страдал он и нравственно. Разразившаяся над ним гроза глубоко потрясла его кроткую душу. Это видно из следующих слов письма его, в которых слышится глубокая боль: "Есть во мне боязнь людей, чтоб не сделали мне зла, родившаяся во мне по болезни". Когда, наконец, можно было преосвященному ехать, графиня послала с ним врача, окружила его удобствами и оплатила всв дорожные расходы. Ехали шагом.
"Помолитесь, писал он с дороги, чтоб Господь благословил путь и жизнь и облегчил болезнь для продолжения телесной жизни, которую по благости Его хочется хотя некоторыми отрывками посвятить Его святому имени".
21 июня Иннокентий въехал в Пензу. Была ясная погода. Народ стоял по обеим сторонам улиц, а около собора и в соборе была толпа. Все были встревожены болезненным видом нового архипастыря: лицо его было бледно от сильных страданий, и голос дрожал от слабости. По совершении молебствия преосвященный сказал слово о мире. Несмотря на болезнь, он не пропускал ни одного праздника и воскресенья без служения и проповеди. Поучения его производили неотразимое впечатление на паству, — он проповедывал со слезами. Совершая бескровную жертву, он одушевлялся новою жизнью, и особенно во время призывания на Дары Святого Духа. Со слезами падал он ниц, и, несмотря на тяжесть облачения для болезненного его тела, не позволял диаконам поддерживать себя. Он до того погружался при служении в молитву, что однажды, когда после херувимской случилось волнение между присутствующими, так как в том же архиерейском доме произошел пожар, — он ничего не заметил.
Труды по устроению епархии предстояли обширные; духовенство не было на должной высоте; необходимых удобств жизни не было; дом был, как "шалаш или плохой трактир", полы подымались при проходе по ним, стекла закопчены и составлены из битых кусочков, везде протекало; казенный лесничий завладел архиерейскою землею. Все надо было исправить и уяснить.
Быстро осмотрев городские церкви и побывав на испытаниях в семинарии, гимназии и духовном училище, преосвященный отправился по епархии. Его огорчила бедность церквей — в некоторых не было ни библии, ни книг, составляющих круг церковный. Риз по три-четыре, одна шелковая, остальные холщевые. Посещение Саратова произвело отрадное впечатление на архипастыря; в нем уже было 10 храмов. В соборе преосвященный Иннокентий сказал проповедь на текст: "Возвеличим Господа со мною и вознесем имя Его вкупе". "Когда я произнес — пишет он — к народу: "Возвеличим Господа со мною!" мне хотелось обнять всех и во едином союзе возвеличить беспредельно Великого; собрание было немалочисленно: собор, его крыльцо, притвор и окна наполнились зрителями".
На третий день по приезде в Саратов преосвященный окончательно изнемог и слег; чрез две недели, почти на смертном одре, он возвратился в Пензу, но не переставал заниматься делами епархии. Узнав, что комиссия духовных училищ вторично издает его "Церковную историю", он заботился об ее исправлении. Врач еле мог убедить его принимать лекарство. Взор больного был неотступно устремлен на Распятие. За неделю до кончины он передал тысячу рублей на содержание бедных учеников в уездном и приходском училищах в Пензе. "Кого благодарить?" спросили его. "Иисуса Христа", — отвечал он.
Между тем, он все слабел, не в силах был поднять и стакана с водою, но не оставлял пера до кончины. Погода ненастной поздней осени еще более усиливала страдание его. Казалось, что кожа от худобы присохла к костям его. Внешность Иннокентия, сиявшая спокойным духом, умилением и благоговением, походила на образ святителя Димитрия Ростовского.
"Не великое дело, — отвечал он, когда ему говорили о том, — иметь сходство по наружности. О, если б благодать Божия сподобила приблизиться к нему по духу".
Никто не слыхал от страдальца в его последнюю болезнь стона, и когда высказывали ему соболезнования, пресекал их, говоря кратко: "Так Богу угодно".
9 октября ночью он позвал келейника и сказал: "Какое дивное видение мне представилось! Казалось мне, что небеса отверзлись. Двое светлых юношей в белых одеждах, слетев с высоты, предстали предо мной и, с любовью смотря на меня, взяли меня, немощного, и вознесли с собою на небо. Сердце мое исполнилось несказанной радости, и я пробудился".