В ужасе упал он, долго плакал от умиления и не мог продолжать молитву. В расслаблении вышел он из церкви и ночевал в притворе церковном.
В другой раз пришел он к елецкому купцу Ростовцеву, который только что перед тем читал рассуждение о тайне Пресвятой Троицы, и с недоумением размышлял, как бы лучше ее постигнуть.
Придя к Ростовцеву, о. Иоанн сказал: "Матвей, взгляни на потолок". Тот взглянул и увидел открытое светлое небо. Купец от страха упал на пол и залился слезами; плакал с ним вместе и о. Иоанн. Когда окончилось видение, он сказал: "Где нам глупым рассуждать о Святой Троице? Притом и то не забудь, что пророк Моисей, увидев купину, горевшую и несгоравшую, не смел приблизиться к ней. А ты, нечистый, углубляешься в это великое таинство и хочешь постигнуть непостижимое. Наше дело не углубляться, а сердечно веровать".
В доме своем, исполняя завет святителя Тихона, о. Иоанн не оставался без дела. Молитва, чтение книг или другие добрые дела занимали его время. Смеха и шуток не любил он. Исправляя требы, был нестяжателен, совершал таинства с благоговением, а на обедах поминовенных не участвовал.
Замечательно было в его служении священническом то, что он, навещая прихожан, особенно ходил к тем, кого заметил в дурном поведении. Он обличал их, угрожал гневом Божиим и нередко склонял к покаянию. С такими же наставлениями ходил он и по больницам, в тюрьму и бедные дома. Никто не отходил от него без вразумления, которое часто изменяло все взгляды собеседника на жизнь.
Однажды пришел к нему елецкий житель Кожухов и сказал о себе, что, слава Богу, всю свою жизнь прожил покойно, всего у него довольно, недостатков нет, бед с ним не случалось. На эти слова о. Иоанн воскликнул.
— Жаль мне тебя, несчастный счастливец!
— Чем же я несчастлив? — спросил тот.
— Тем, — отвечал о. Иоанн, — что не посещен Божиим наказанием, которое верный знак любви Бога к нам: "его же любит Господь, того и наказует". А ведь ты не малый грешник! Как же можешь считать себя счастливым, когда пьешь беззакония как воду, а живешь без вразумления и бед, которые спасительны, потому что побуждают грешника к покаянию!
Задумался гость над этими словами и пошел домой, поникнув головой… Через две недели загорелся у него дом, и, пока другие тушили пожар, он выбежал на улицу, стал на колени и, подняв руки к небу, громко молился: "Слезно благодарю Тебя, Господи, что ты наказуешь меня, великого грешника. Чувствую теперь, что Ты не забыл меня и пробуждаешь меня окаянного. С усердием лобзаю десницу Твою, достойно меня карающую".