Боролся о. Иоанн и с суевериями.
Один купец, выезжая на ярмарку, у самого своего двора встретил о. Иоанна. Купец приказал вернуться, считая это за неблагоприятное предзнаменование. Переждав немного, собрался он ехать опять, и снова навстречу о. Иоанн, и так до трех раз. В третий раз подозвал купца к себе о. Иоанн и говорит: "Что это у вас за предрассудок, что встреча священника признак неудачи… Брось ты это. Прими от меня благословение и вернись домой. Я там отслужу для тебя напутственный молебен, и ты отправишься в путь с благими надеждами".
После молебна купец поехал и отлично торговал на ярмарке. И больше уж не боялся встречи со священником.
В обличениях своих о. Иоанн был прям и смел, не стесняясь значительностью лиц.
Один именитый купец пригласил его осмотреть выстроенную им церковь.
Войдя в нее, о. Иоанн воскликнул: "Слава Богу, великолепен храм! Радуюсь и благодарю Господа Бога за этот молитвенный дом. Благодари и ты Его благость, поблагодари не языком только, но самым делом. Благодари Господа по примеру Закхея мытаря, который обещал, когда Господь пришел в его дом, пол-имения раздать нищим и возвратить четверицею тем, кого обидел… Советую тебе последовать этому примеру. Ведь обиженных тобою, я думаю, столько, что их, по многочисленности, невозможно поместить в этом храме. Вспомни, как ты поступал с бедными торговцами, которым за год вперед раздал деньги под сало. По истечении года ты принимал от них товар, сверх вычета громадного процента, не по той цене, по какой они покупали, а по той, какую тебе было угодно назначить. Вспомни, что делал ты, если они не успевали к сроку поставить товар. Ты был неумолим, хотя бы до этого несчастия эти люди лет по десяти и по двадцати работали на тебя и умножали твои миллионы. Сколько таких людей ты совсем разорил, лишил крова и приюта и пустил с семействами и детьми бродить по миру… Побойся Бога, побереги свою душу и в благодарность за ту милость, что Господь позволил тебе выстроить храм, раздай одну половину имения нищим и из второй расплатись с теми, кого ты обидел. Тогда твоя жертва будет угодна Богу. А если сохранишь капитал, то, при внезапной твоей смерти, он будет расхищен и поступит, в укор тебе, в чужие руки".
Купец плакал и обещал хоть частью вознаградить им обиженных и потом уж никого не притеснять.
В преклонных годах, при полном развитии духовных сил о. Иоанна, открылся в нем дар прозорливости.
Известный затворник Задонского монастыря Георгий был смущаем в монастырском храме тем, что многие вели себя непристойно для такого места, разговаривали и смеялись. Он надумал перейти в другой монастырь, но наперед хотел посоветоваться с каким-нибудь опытным старцем, и выбор его остановился на о. Иоанне.
Когда Георгий пришел в Елец, едва успел подойти он к дому о. Иоанна, как тот выбежал на крыльцо и, хотя никогда не видал и не знал его, встретил его такими словами: "А я, брат, сейчас только отслужил молебен со звоном Пресвятой Богородице… Она не велит давать наставления монахам, особенно смущенным и хотящим оставить свой монастырь… Ступай, брат, в чулан!" И при этих словах о. Иоанн спрятался в свой чулан, в котором обыкновенно жил.