В Кирилло-Белозерском монастыре Амвросий весь отдался безмолвию, уединению и молитве.
Ему для жилья было приготовлено большое помещение, но он выбрал себе одну, самую отдаленную комнату. Никто, даже келейник, не мог входить в нее. Никого почти он не принимал, даже монастырских властей и родных, которым велел сказать, что Амвросий мертв. Из келии своей он выходил только в церковь, но редко.
Иногда, когда в церкви шла служба и народ был внутри, он подходил к одному из церковных окон, смотрел несколько минут во внутрь церкви и уходил к себе.
Иногда, по ночам, выходил он на церковный двор, молился на церковной паперти, воздев руки к небу, или в келлии преп. Кирилла молился до утрени. Когда приехали к нему родители, он позволил им пожить в зале его покоев, сам ставил для них самовар, но они почти не видали его самого и не входили в его келлию.
Письменно затворник уже ни с кем не сообщался. Подавали ему простую монастырскую пищу, но он не брал ее целыми днями, изредка пил вместо чая ромашку. Чрез келейника он раздавал всю свою пенсию (2,000 руб. в год), употребляя ее на монастырь и на бедных. Он содержал двух сирот в училище и внес большой денежный вклад за содержание родителей в пустыни Новгородской губернии, когда те пожелали постричься.
Келейник у него был неисправного поведения: заперев епископа в архиерейских покоях, он исчезал иногда на несколько дней, оставляя его без пищи и в нетопленых комнатах. Тогда Амвросий делал все сам, топил печи, мыл полы и никому ни словом не пожаловался на келейника. Только с одной семьей сосланного туда полковника Дубовицкого епископ видался, принимал даже его малолетних детей, которые обращались с ним, как со своим человеком. Когда Дубовицкий получил разрешение вернуться, Амвросий присутствовал при обедни и напутственном молебне и самым теплым образом простился с отъезжавшими.
Коротка была подвижническая жизнь преосвященного Амвросия.
От его прежней красоты ежечасное понуждение себя, суровый, беспощадный быт не оставили следа. Он походил на мертвеца. Но не жаловался, не лечился.
Полгода продолжалась его предсмертная болезнь. Через два года по удалении на покой он отошел к вечному успокоению. В праздник Рождества Христова 1827 г. с глубоким чувством он исповедался, приобщился св. Таин и на другой день рано утром был найден почившим последним сном.
Он лежал на постели с лицом, обращенным к иконам, с правою рукою, сложенною для крестного знамения.