Антоний, уже наместник лавры, принял его ласково и поместил в просфорне.
Труд, молитва, полное послушание и неосуждение — вот чего искал Петр. Вскоре он был поставлен начальником просфорни, и в этом послушании трудился двенадцать лет. Однажды, в час уныния, было ему видение преп. Никодима просфорника, который сказал ему, что всегда посещает то место, где получил спасение.
Не принимая на себя чрезмерных подвигов поста, но в высшей степени умеренный, тихий, спокойный, незлобивый, мирный, — Петр без искушения проходил свой путь. Последнюю одежду готов был он уступить. Поймали раз странника, укравшего у него зимою тулуп. "Не троньте его, — он, бедный, и в тулупе трясется: нам хорошо в тепле, а он — на морозе", сказал он и отпустил странника, дав ему денег и научив его вперед не воровать.
Плотских страстей, плотской борьбы, нечистых помыслов не знал Петр вовсе. И тот путь, царский, которым шел подвижник, привел его к великим духовным дарам.
По пострижении, 20 сентября 1824 года, в монашество, с именем Пафнутия, он увеличил труды. В келлии его было лишь Распятие, икона Пресвятой Богородицы, деревянная голая скамья, столик, фонарь и деревянная чашка. Ночью, кроме молитв, переписывал он свято отеческие книги. Благодатные видения посещали часто избранника Божия, укрепляя его. Во время совершения литургии он удостоился чудного озарения, в котором ему открылось таинство нашего спасения.
Пред рукоположением во священство ему представилось в сновидении, что неведомый ему Архиерей в алтаре Великой лаврской церкви подает ему с престола Евангелие, окруженное неизреченным сиянием, и на ответ его, что он не дерзает, Жена, стоящая одесную Архиерея, в царском одеянии, говорит: "Возьми, Пафнутий, Я поручаюсь за тебя".
Вскоре отец Пафнутий был назначен духовником лавры. Познание падшей оскверненной человеческой природы погружало его в великую скорбь, сокрушало до изнеможения. "Бедные, бедные люди, — говорил он, — если б они знали, какие блага они меняют на смрад греховный", и эту склонность ко греху приписывал врагу спасения.
В 1838 году о. Пафнутий подал прошение о принятии схимы, и в сомнении, разрешат ли ему в столь не старые годы (ему было 48 лет), был подкреплен явлением святителя Парфения. Вскоре митрополит киевский Филарет сам облек его в схиму. И с еще большею всепоглощающею силою предался схимник молитве, которая вросла в сердце и действовала даже во сне. Он видел однажды в таком сне свое сердце, объятое пламенем. Его молитвенное правило состояло из чтения утром, в полдень и вечером по одному евангелисту, совершения ежедневно пения всей псалтири, молитв утренних и вечерних, акафиста Спасителю, Божией матери, поклонения страстям Христовым и песни "Богородице, Дево, радуйся", которую он произносил триста раз.
Его усердие к Матери Божией было необыкновенно. Он имел к Пресвятой Владычице умилительную, нежную и детскую любовь, и эта любовь излилась во вдохновенном к Ней воззвании: "Возлюбленная Богу Отцу дщерь, Безмужняя Эммануила Мати, кристалловидная Параклита, невесто святогласная горлице, белолилейный Творца ковчеже, благородное гнездо орла небесного, несгораемая свеще мирови! Архангельские Гавриилов глас вопию Ти!" "Наипрекраснейшая и добропослушливая Марие, Слову Мати Пречистая! ничего же иного, кроме Божией любве, пожелати не знаю. И в последняя моя — на поклонение ко Иисусови пройти, от злобных стражей мытарств Ты ми помози. На Тебе надеюся и Тобою хвалюся, да во век не посрамлюся, пепел и персть аз".
"Несомненная моя надеждо, Архангельске глас вопию Ти, безгрешная Маргарито, спасающая род наш, Игумения Лавры пещер, обрадованная, радуйся! С Тобою Господь, Тобою же с нами; умилосердися надо мною: грешен есмь, но Твой! Поручница мне и житию исправительница буди. Всего себя вручаю Тебе, Мати Божия. Сохрани мя под кровом Твоим".