Пользуясь особым доверием императора Александра I, Филарет писал по его поручению манифест императора, в котором тот передавал права престолонаследия, помимо второго, отрекшегося от престола, брата Константина — Николаю Павловичу.
Сперва, по неведению этого манифеста, когда дошла весть о кончине в отдаленном Таганроге Александра I, народ приведен был к присяге великому князю Константину Павловичу, затем, когда выяснилось отречение его — надо было вновь приводить к присяге уже Николаю Павловичу. В Петербурге эти обстоятельства послужили одним из поводов к так называемому Декабрьскому бунту. В Москве, благодаря твердости Филарета, все обошлось спокойно. Он, при получении манифеста императора Николая, вынес из алтаря государственные акты, прочел манифест Александра I, отречение Константина и произнес: "По уничтожении силы и действия данной присяги непреложным от нее отречением того, кому она дана", — тут он осенил народ на три стороны крестом и выговорил слова новой присяги: "Я, нижепоименованный, обещаюсь и клянусь".
На коронации государя Филарет был возведен в сан митрополита.
Почти все время состояния московским митрополитом Филарет прожил безвыездно в Московской епархии. Вследствие некоторых недоразумений он с неприятностями покинул Петербург в мае 1824 г., и уже навсегда.
Как впоследствии ни просили Филарета возвратиться туда, его решение не въезжать более в этот город осталось непреклонным.
С окончательным переселением в Москву его ученолитературная деятельность почти прекращается, заменяясь проповедничеством. Кроме того, всею душою он отдался устройству епархии, бывшей до него в довольно запущенном состоянии.
Близким наблюдением за духовно-учебными заведениями, в его время в его епархии достигшими полного расцвета, он как бы создал целое поколение прекрасного, развитого, истинно православного духовенства.
Чрезвычайно строгий и настойчивый в своих требованиях, он, вместе с тем, был чрезвычайно внимателен к духовенству, входя во все подробности всех его нужд, глубоко вдумываясь в обстоятельства тех отдельных случаев, которые вызывали его вмешательство.
Он оказывал особое почтение заслуженным священникам, и бывали примеры, что он, всегда слабый, был доступен и в ночные часы, и, после двухдневной поездки по осенним дорогам внутри епархии, с освящением двух храмов, поспевал ночным переездом в Москву на отпевание приходского священника.
Величайшее уважение всей России окружало Филарета. Иностранцы, приезжавшие в Москву, старались увидать его, как удивительное явление. Высоко ценился голос Филарета в вопросах государственных, и почитавший его государь Александр Николаевич часто совещался с ним о важнейших вопросах управления. Так, Филаретом составлен манифест на освобождение крестьян.