Окончив курс магистром, иеромонах Феофан был назначен исправляющим должность ректора киево-софийских духовных училищ, затем он был ректором новгородской духовной семинарии, служил в петербургской духовной академии профессором и помощником инспектора.
Это чисто ученое дело его не удовлетворяло, и он подал прошение уволить его от академической службы.
Его назначили членом русской миссии в Иерусалиме. Пребывание в Святой Земле, несомненно, должно было оставить в его душе глубокие следы.
Возведенный в сан архимандрита, он был назначен ректором олонецкой духовной семинарии, но вскоре был переведен настоятелем посольской церкви в Константинополе.
Затем он был вызван в Петербург для ректорства в духовной академии, и ему одновременно поручено было наблюдать за преподаванием Закона Божия во всех светских учебных заведениях столицы.
9-го мая 1859 года он был поставлен епископом в Тамбов.
Здесь он устроил епархиальное женское училище. Во время пребывания на тамбовской кафедре епископ Феофан полюбил уединенную Вышенскую пустынь. Летом 1863 г. он переведен во Владимир, где прослужил три года.
И здесь он открыл женское епархиальное училище.
Он часто служил, много ездил по епархии, постоянно проповедывал, возобновлял храмы, и всем сердцем жил со своими пасомыми, деля с ними радость и горе.