От всех мать Феофания требовала чинности, точного положения крестного знамени, неспешного и благообразного отправления службы, пения и чтения. Еженедельно в воскресенье, за час до обедни, все сестры собирались в церковь, и игумения, прочтя канон Св. Троице и акафист Иисусу Христу, говорила сестрам наставления о монашеском житии. Заливаясь слезами, она кланялась им в ноги, умоляя жить хорошо, наставляла и по одиночке, в своей келлии. В церковь мать Феофания приходила первая, уходя после всех.
Обиход монастыря был налажен; стали уже появляться некоторые пожертвования, как вдруг разнесся слух, что монастырь переносят на другое место. От огорчения мать Феофания заболела, но должна была ехать к Московской заставе, осмотреть назначенное место. То был пустырь, состоявший из песков и болота, небольшого овсяного поля и рощицы; жилищ не было; а место это служило притоном мошенников и праздношатающихся. Между тем, не назначая никаких средств, сюда велено было перенести монастырь.
В это тяжелое время совершенно невозможных, по человечеству, обстоятельств, скончалась благотворительница монастыря, графиня Орлова-Чесменская, на щедрую помощь которой, при жизни ее, можно бы было опереться — оставив монастырю лишь неприкосновенный небольшой капитал, 10,000 р. В то же время, поручив обитель заступлению Царицы Небесной, скончался митрополит Антоний.
Игумении был послан Высочайше утвержденный план построек, который она обливала слезами. На ее вопрос, на что строить, когда требуется, по меньшей мере, миллион — ей отвечали, что это уж не ее дело, а дело архитектуры и комиссии строить по плану.
Для начала поселили на отведенном месте, в маленькой часовне — странницу и сборщицу Дарьюшку; однажды к часовне подъехал генерал, и Дарьюшка в простоте сердца рассказала ему, как убивается игумения над неисполнимым приказом и как стеснен весь монастырь. Генерал этот, как оказалось, был обер-прокурор Синода, граф Протасов. По его представлении, государь повелел ежегодно отпускать по 25,000 р., пока не будут выстроены два корпуса для келлий и домашняя церковь, но все дальнейшее возлагалось на игумению. Кроме того, игумения обязывалась подпискою не посылать сборщиц.
Строительная комиссия Министерства путей сообщения действовала недобросовестно и в ущерб монастырю. Много слез пролила игумения, видя плохую стройку корпусов и непроизводительные чрезмерные расходы; наконец, когда комиссия ассигновала пять тысяч на пустой мостик, игумения обратилась лично к государю, умоляя отстранить комиссии, поручив дело ей одной. Государь соизволил, сказав ей при этом: "Я сам буду вашим инженером". Встретив потом мать Феофанию на юбилее Екатерининского института, — государь спросил ее: "Не сердитесь ли вы на меня, что я перевожу ваш монастырь на другое место?"
Еще прежде корпусов, матушка приступила к возведению деревянного храма. Для того она взяла в долг леса у лесного промышленника Громова. Время уплаты пришло; денег не было. Видя глубокую скорбь и слезы игумении, мать Варсонофия взяла счеты и со стесненным сердцем поехала просить у Громова отсрочки. Выслушав ее, Громов разорвал счета.
3 ноября 1849 г. совершилась, в присутствии государя, закладка монастыря. Но до переселения в него монахинь было далеко. Надо было из болота и песку образовать сносное место. Прокопали осушительный канал, распланировали и рассадили сад, который еще при жизни матери Феофании давал и ягоды, и плоды, при чем эту дорогую работу матушка совершила без больших затрат. Таким же хозяйственным способом был украшен и храм. Иконы, роспись стен и облачения — все было устроено сестрами. Выбрав хорошего художника, мать Феофания пригласила его давать уроки монахиням и просила его руководить их работами. Сама она несколько раз объездила с монастырскими художницами петербургские церкви и выбирала для образцов лучшие иконы. Когда, впоследствии, пришлось приступить к украшению собора, было уже 12 опытных живописиц. Золотошвейки изготовляли облачения и пелены. 5 июня 1854 г. игумения и все сестры переселились на новое место; вскоре монастырь был окружен каменной оградой, и выстроен за оградою дом для духовенства. 27 июня 1854 г. освящена церковь келейная во имя Афонской иконы Богоматери "Отрада и Утешение". Здесь стоит присланная с Афона иеромонахом Серафимом Святогорцем икона. В этой-то церкви, проходя в нее по внутреннему коридору из своей келлии, мать Феофания до конца жизни слушала все службы. В том же году заложена церковь Богоматери "Скорбящих Радости", вдовою А. Н. Карамзина, убитого во время Крымской кампании.
Между тем, фундамент соборного храма, выведенный комиссиею и затем оставленный за более нужными постройками, стоял закрытый. Народ не вмещался в маленькой келейной церкви, и игумению осуждали, зачем она не выстроит большого храма, и мать Феофания много о том плакала.