Специальная статья соглашения предусматривала обязательство Японии вывести к 15 мая 1925 г. свои войска из Северного Сахалина. Через пять месяцев после эвакуации Японии могли быть предоставлены советским правительством концессии, в частности на эксплоатацию 50 % площади нефтяных месторождений, частично уже находившихся в эксплоатации Японии.
Ко второму пункту советско-японской конвенции, оставлявшему в силе Портсмутский мирный договор, заключённый между Россией и Японией 5 сентября 1905 г., советское правительство сделало следующую оговорку: «Признание действительности Портсмутского договора от 5 сентября 1905 г. никоим образом не означает, что правительство Союза разделяет с бывшим царским правительством политическую ответственность за заключение указанного договора».
Подтверждение Портсмутского мирного договора имело глубокий смысл. Статьи этого договора, отражавшие империалистические устремления Японии и фиксировавшие её приобретения, уже давно были реализованы и практического значения в дальнейшем иметь не могли. Зато в полной мере сохраняли своё значение те статьи договора, которые были направлены к обеспечению мира на Дальнем Востоке. К числу этих статей и пунктов договора принадлежали следующие обязательства сторон:
Россия и Япония условились воздерживаться «от принятия на русско-корейской границе каких-либо военных мер, могущих угрожать безопасности русской или корейской территории».
Они обязались «эксплоатировать принадлежащие им в Манчжурии железные дороги исключительно в целях коммерческих и промышленных, но никоим образом не в целях стратегических»
3. Согласно статье 9 Портсмутского договора, «Россия и Япония взаимно соглашаются не возводить в своих владениях на острове Сахалине и на прилегающих к нему островах никаких укреплений, ни подобных военных сооружений; равным образом они взаимно обязуются не принимать никаких военных мер, которые могли бы препятствовать свободному плаванию в проливах Лаперузовом и Татарском».
Вопрос о долгах правительству или подданным Японии откладывался до дальнейших переговоров между правительствами Японии и СССР.
Оба правительства соглашались приступить к пересмотру рыболовной конвенции 1907 г., учитывая те перемены, которые имели место с того времени.
Новая рыболовная конвенция, заключённая на срок 8 лет, была подписана после длительных переговоров 23 января 1928 г. В дальнейшем эта конвенция неоднократно продлевалась на срок одного года, причём в её условия вносились некоторые изменения.
Японо-советское соглашение имело большое значение для развития экономических отношений и связей между обеими странами и для укрепления мира на Дальнем Востоке.