От голода, неимоверной скученности, антисанитарных условий содержания появились массовые заболевания цынгой, дизентерией, затем вспыхнула унесшая много жертв эпидемия сыпного тифа, а нужных лекарств в тюремную аптеку не выдавалось. Перевод в тюремный лазарет — барак больничного городка, облегчения не давал. Тов. Тубанова, будучи заключенной и добровольно работавшая сиделкой в тифозном бараке, вспоминала:
«Жизнь в бараке была кошмарной. Больных, еле двигавшихся, привозили каждый день грудами — грязных, оборванных, с неимоверным количеством паразитов и сваливали в коридоре. Покойницкая была завалена трупами…»
Убедившись в непреклонной решимости трудящихся области к борьбе с иноземными захватчиками, интервенты и белогвардейцы стали действовать методами самого разнузданного массового террора. Созданные ими военные, особые военные и военно-полевые суды повели свое черное дело. Военный суд заседал непосредственно в тюрьме. Заключенные каждую ночь ожидали — в какой камере загремят ключи, кого поведут на расправу. После короткой комедии суда грузовой автомобиль увозил обреченных на загородные Мхи, к месту расстрела.
Первый открытый расстрел был произведен 3 ноября 1918 года, в три часа дня, во дворе тюрьмы. В этот день интервенты расстреляли Степана Николаевича Ларионова и пять товарищей из его красноармейского отряда. Во время расстрела Ларионова всех заключенных тюрьмы выстроили по камерам и под угрозой расстрела приказали не расходиться до свистка.
Как разбойники с большой дороги, которые связывают себя общим участием в убийствах, интервенты поручили расстрел сводному отряду англичан, американцев, французов и итальянцев. Итальянские солдаты, узнав для чего их вызвали, отказались расстреливать осужденных.
Перед расстрелом Степану Ларионову и его товарищам предложили завязать глаза. Товарищ Ларионов гордо, с презрением ответил предлагавшему: «Если тебе стыдно, закрой свои глаза, а мы сумеем умереть с открытыми глазами!» После двух залпов красноармейцы упали, тяжело раненый Ларионов продолжал стоять. Выстрелом в упор было покончено и с ним. Так погиб пламенный большевик, агитатор, организатор Красной гвардии Архангельска, командир красноармейского отряда Степан Ларионов.
Впоследствии массовые расстрелы стали обычным явлением. Но прежде чем покончить с обреченными, палачи подвергали их мучительным пыткам. Чтобы продлить предсмертные мучения своих жертв, палачи сбрасывали в могилу больных или недобитых в момент расстрела и зарывали их живыми.
Свидетель из числа заключенных, привлекавшихся к обязанностям могильщика, рассказывал суду:
«Затем последовал расстрел, и надзиратели потащили нас закапывать могилу. Закапывая, мы слышали голос:
— Товарищи! Я знаю, кто нас закапывает… Ведь я еще живой!»