Двинувшись сперва по Старой Калужской дороге, Наполеон затем внезапно повернул на Новую Калужскую дорогу.
Получив сведения о движении армии Наполеона, Кутузов со всей русской армией перешел от Тарутина к Малоярославцу, чтобы перерезать французам путь к Калуге.
12 октября авангарды обеих армий столкнулись у Малоярославца. Постепенно к ним подошли главные силы и завязался кровопролитный бой. Восемь раз город переходил из рук в руки.
На рассвете следующего дня Кутузов приказал своим войскам отойти от города на 2½ версты, чтобы занять более выгодные позиции. Наполеон понял, что если он попрежнему намерен прорваться к Калуге, ему предстоит принять генеральный бой, не менее кровопролитный, чем Бородино. И в первый раз за эту кампанию он повернулся спиной к русской армии, решился перейти из позиции преследующего на позицию преследуемого. На военном совете, который был собран Наполеоном вечером после сражения у Малоярославца, решено было не принимать боя со всей армией Кутузова и отступить на старую Смоленскую дорогу.
Теперь перед русской армией стояла задача организовать преследование отступающего врага.
Партизанское движение разгоралось с еще большей силой. Выдвигались новые и новые руководители партизанских отрядов. Одним из наиболее известных деятелей народной войны этого периода был уже упоминавшийся гусар Елизаветинрадского полка Федор Потапов, по прозванию Самусь. Раненый в одном из арьергардных боев на Московской дороге, Самусь отстал от своей части и скрывался в окрестных деревнях. Лечась от ран, Самусь все время говорил с крестьянами о бедствиях, постигших отечество, и убеждал их выступить на защиту родины. Слова Самуся находили широкий отклик среди крестьян. Окончательно выздоровев, Самусь организовал партизанский отряд, с которым начал действовать, преследуя отступающую французскую армию. Действия его были столь успешны, что он скоро приобрел широкую известность. Количество участников отряда Самуся непрерывно росло и составило внушительную цифру в 2 тысячи человек. Оружие Самусь отбирал у французов. С течением времени он обзавелся даже пушкой. Много вреда принес Самусь отступающей наполеоновской армии, забирая неприятельских солдат в плен, отбивая обозы и внося своими внезапными налетами панику в ряды противника.
Самусь был не одинок; солдат драгунского полка Ермолай Четвертаков организовал отряд в несколько сот человек крестьян. Действия его были столь успешны, что о Четвертакове заговорили. Обосновавшись в деревне Басманы, он превратил ее в укрепленный лагерь, расставляя пикеты, организовал разведку и провел правильные военные действия. В Сычевском уеэДе Смоленской губ. громкую славу приобрел крестьянин Семен Емельянов. Старый солдат, участвовавший еще в походах Суворова, он стал начальником партизанского отряда, успешно оперировавшего в Сычевском уезде. В одной из стычек с французами, пронзенный шестью пулями, он погиб. В Калужской губ. народная война приняла такие размеры, что, по выражению современника, «губерния походила более на воинский стан». Действия партизан особенно развернулись в Московской и Смоленской губерниях и в ближайших к ним уездах. Жители их организовывали отряды, производили разведки, уничтожали отдельные отряды неприятеля.
Армия Наполеона отступала к Смоленску. Кутузов шел параллельным маршем, имея в авангарде корпус Милорадовича. 20 октября Наполеон был уже в Вязьме. Здесь он получил известие о том, что генерал Гувион-Сен-Сир вытеснен из Полоцка русскими войсками. Эго заставило Наполеона ускорить отступление. В Смоленск Наполеон прибыл 28 октября. Здесь его армию постиг неожиданный удар: заготовленного продовольствия оказалось значительно меньше, чем рассчитывал Наполеон. Дав солдатам кое-как отдохнуть, Наполеон двинулся из Смоленска дальше на запад. Кутузов следовал за ним по пятам, постоянно тревожа его короткими ударами с флангов. Крестьянские отряды продолжали свою губительную для отступающей наполеоновской армии деятельность. Наполеон торопился, так как с севера и юга к Березине надвигались русские войска под командой Витгенштейна и Чичагова, грозившие отрезать французам путь отступления. Искусным маневром, обманув Чичагова, Наполеон с большими потерями перешел через Березину.
Наступили дни агонии наполеоновской армии. После перехода через Березину начались жестокие морозы, доходившие до 20–25°. Совершенно измученные и голодные французы массами гибли от холода. 23 ноября в Сморгони Наполеон простился с маршалами, передал командование Мюрату, покинул армию и уехал во Францию. Когда в Вильне герцог Бассано задал Наполеону вопрос об армии, он получил короткий, но выразительный ответ Наполеона; «Армии нет».
Остатки наполеоновской армии, преследуемые Кутузовым, бежали на запад. К 30 ноября французы подошли к Ковно. Оставалось несколько километров до русской границы. 2 декабря 1812 г. вечером арьергард маршала Нея, состоявший из нескольких сот человек, последним перешел через р. Неман и вступил на прусскую территорию. В течение декабря переходили границу последние разрозненные кучки французов. Всего из России ушло около 30 тысяч человек. Это было все, что осталось от полумиллионной армии Наполеона.