Наконец, как раз в это время правители города добились основания в Страсбурге университета. Парацельс мог мечтать о получении кафедры в этом университете, с которой он стал бы преподавать не галеновскую медицину, а науку, созданную Теофрастом фон-Гогенгеймом. Но мечте этой не суждено было осуществиться — университет в Страсбурге был открыт лишь в следующем столетии (в 1621 г.).
В Страсбурге Теофраст, убедившись в неосновательности надежд на профессуру, направил всю свою энергию на практическую врачебную деятельность.
Успешная врачебная практика быстро создала ему известность. Его удача породила зависть у врагов, объединенных приверженностью к установленным медицинским взглядам, над которыми насмехался Гогенгейм.
Он не таил своего презрения к галеновской медицине, своих революционных воззрений в области врачебной науки; наоборот, он стремился к открытому бою с противниками, чтобы сделать свои мысли достоянием гласности. Вскоре он выступил на открытом диспуте с доктором Венделином Хок — писателем, популярным во врачебных кругах.
Исход этого диспута нам неизвестен.
Возможно, что обе стороны разошлись, убежденные в правоте своих взглядов и победе своей точки зрения, как это неоднократно было и будет в диспутах. В галеновских кругах Хока называли: «Венделин, превосходящий Теофраста». Возможно, что Парацельс действительно понес поражение, благодаря своей молодости и малой искушенности в дискуссировании. Он не был первоклассным оратором, его легко было вывести из себя, и тогда он либо молчал, либо сменял тонкую диалектическую игру доводов и возражений, к которым привычны были ученые того времени, резкими и грубыми словами. Об одном из своих других диспутов он сам говорил, что «…он-де не удостаивал ответа своих крикливых противников, а они зато его презирали, что он будто бы на язык был не боек и на нападки слету отвечать не умел».
Но больные судили о Теофрасте по практическим результатам его лечения и их мало интересовали его неудачи в ученых дискуссиях.
Популярность Теофраста-врача росла, его приглашали к знатным людям и в самом Страсбурге и даже в других городах. Он вылечил тяжело заболевшего дизентерией маркграфа Филиппа Баденского. Однако маркграф оказался неблагодарным пациентом и отказал врачу в обещанной оплате. Галеновские доктора злорадствовали по поводу этой неудачи Теофраста. Впоследствии в одном из своих произведений он заклеймил резкими словами этого князя-обманщика.
И вот однажды Парацельса вызвали в Базель к Иоганну Фробену — знаменитому книгоиздателю и другу гуманистов. Фробен болел уже давно, но летом 1526 года у него сделались невыносимые боли в правой ноге. Лечение галеновских докторов только усилило страдания. Казалось, что единственным спасением больного была ампутация ноги, — так говорили врачи.
Тогда у постели больного появился Парацельс и удивительным образом в короткий срок вылечил Фробена, который не только смог приступить к своим делам, но даже дважды в этом году предпринял путешествие на книжную ярмарку во Франкфурте-на-Майне.