К тому времени, когда Гогенгейм переселился в Базель, на арене остались две боровшиеся силы: реакционеры-католики и буржуазные реформаторы.
В год переселения Гогенгейма в Базель реформационное движение завоевывало в этом городе все большее и большее количество сторонников и борьба их со старой церковью обострялась.
В самом начале 1525 года магистрат начал склоняться к новому религиозному учению и издал первые распоряжения, благоприятствовавшие его распространению. В мае базельцы приняли живое участие в баденском диспуте, на котором Эколампадий, священник и профессор в Базеле, выступил со стороны реформаторов против приверженцев старой веры доктора Иоганна Экка и доктора Иоганна Фабри. Но Базель был представлен на этом диспуте не только реформаторами; в числе председательствующих был Людвиг Бэр — базельский профессор теологического факультета и соборный священник, который являлся вождем базельских противников Эколампадия.
В сентябре магистрат предоставил полную свободу евангелическому богослужению и проповеди в Базеле и, наконец, в октябре объявил монастырское имущество общественным достоянием.
Эколампадий принимал деятельное участие в привлечении Парацельса в Базель; это заставляет думать, что базельские реформаторы рассчитывали найти в нем своего соратника.
Переселяясь в Базель, Парацельс чувствовал себя Геркулесом, способным вычистить «авгиевы кошошни» современной медицины. Ему предстояло коренным образом перестроить преподавание медицины в университете, организовать практически лечение населения на новых основах и реформировать все аптекарское дело, которое было в руках спекулянтов и шарлатанов. Ободренный поддержкой, которую ему обещал магистрат, он жаждал деятельности.
Но обстоятельства сложились иначе, обстановка оказалась трудной, свои, казалось бы, законные и неоспоримые права приходилось отвоевывать шаг за шагом. Новый городской врач был чужим и чуждым базельскому врачебному миру человеком. Его встретили недружелюбно, о нем заговорили на факультетских собраниях, шушукались в аудиториях, собирали разные сплетни и плели паутину обвинений. Вскоре в руках его коллег оказался длинный список правдивых и выдуманных сведений, пользуясь которыми они начали враждебные действия против Парацельса.
Доктор Теофраст отрицает авторитет Гиппократа, Галена и Авиценны — столпов медицинской науки, — такие слухи ходили о нем.
Доктор Теофраст лечит новыми, никому неведомыми средствами и употребляет страшные яды.
Доктор Теофраст сам изготовляет лекарства и не признает искусства аптекарей.