Таким образом, время пребывания в Нюренберге не было потерящ-даром. Около этого же времени он принимается за два своих фундаментальных произведения: «Paragranum», посвященное общим естественно-научным основам врачебного искусства (физике, астрономии, химии и этике), и «Paramirum». в котором Парацельсом изложена общая этиология (учение о причинах болезней).
Уверенный в том, что ему теперь обеспечено беспрепятственное печатание его трудов, Парацельс двигается в дальнейший путь. Разочарование наступает чрезвычайно быстро. На пути между Нюренбергом и Регенсбургом он получает от магистрата извещение о прекращении печатания его сочинений.
Что же случилось? Встревоженный появлением его первой книги, медицинский факультет Лейпцигского университета обратился к нюренбергскому магистрату с требованием прекратить выпуск произведений Теофраста, и магистрат уступил требованию могущественных докторов старой школы.
Исчезала последняя возможность борьбы, преследователи замыкали круг, который означал изоляцию и замалчивание. В отчаянии Парацельс берется за перо и пишет черновик дерзкого послания нюренбергскому магистрату. «Не надлежит вам осуждать и запрещать печатание», — говорит он и требует свободного диспута со своими противниками, ибо иначе запрещение это-нанесение удара самой истине. «Для того и существует печать, для того и печатают, чтобы истина увидела свет». Благоразумие и осторожность берут верх, слишком большая ставка поставлена на карту, и он смягчает свое письмо, униженно просит об отмене несправедливого решения. Магистрат остается непоколебимым. Вспоминаются замечательные слова Парацельса: «Искусство не имеет иных врагов, кроме тех, которые в нем ничего не смыслят».
Итак, осталось единственное: врачебная практика как средство пропаганды его взглядов и источник пропитания.
Слава знающего и удачного врача сопутствовала ему, и богатые и знатные люди призывали его к себе. Но заработок этот был неверен, случаен, и нередко врач подвергался оскорблениям и обману.
Когда из Регенсбурга судьба привела его в Амберг, он был в этом городе призван в дом к богатому бюргеру Себастьяну Кастнеру и лечил его. Этот богач не только не заплатил Парацельсу, но похитил его лекарства и велел выгнать врача вон из дома. «Поэтому я советую всем врачам остерегаться больных, которые предлагают пристанище и пищу».
Аналогичное происшествие произошло с ним в Эслингене, куда он снова прибыл, решив вернуться в родную Швейцарию.
Начало 1531 года застает его в Сан-Галлене, и здесь начинается новая глава в его жизни, когда он меняет родное врачебное искусство на религиозное проповедничество.