Пугачева привезли в Москву в десять часов утра 4 ноября 1774 года. Народ массами встретил повозку с ним и провожал в бесчисленном количестве по всем улицам до Монетного двора (в Охотном ряду), где была приготовлена тюрьма для Пугачева. Множество карет с дамами собралось к Воскресенским воротам; думали, что Пугачев подойдет к окну. Но этого ему сделать было нельзя: по привозе в тюрьму его приковали к стене.
Жена и сын его помещены были в отдельной комнате. Следователи Шешковский и Галахов поселились в той же тюрьме; через час прибыл в Тайную экспедицию и князь Волконский. К судьям в судейскую комнату ввели Пугачева, который пал на колени. Князь Волконский стал говорить с ним «исторически», каким он образом, где и когда он содеял злодейства и т. д. На вопросы Пугачев отвечал спокойно и ясно: «Мой грех, виноват», и проч. Послал Волконский и за женой Пугачева. Казачка не знала о делах мужа и отвечала на все вопросы неведением; Пугачев бросил ее еще за три года.
Для участия в окончательном суде прибыли в Москву генерал-прокурор князь Вяземский и П. С. Потемкин, возивший в Петербург следственное дело. 9 января 1775 года была подписана сентенция. Пугачев и Перфильев приговорены были к четвертованию. Казнь совершилась 16 января 1775 года в Москве на Болоте.
Вот что передают очевидцы о казни Пугачева:
«Эшафот был воздвигнут на середине площади; вокруг были поставлены пехотные полки; начальники и офицеры имели знаки и шарфы сверх шуб, по причине жестокого мороза. Здесь же был и обер-полицеймейстер Архаров со своими подчиненными. На высоте Лобного места, или эшафота, стояли палачи. Позади фронта все пространство низкой лощины Болота, все кровли были усеяны зрителями; любопытные даже стояли на козлах и запятках карет и колясок. Вдруг все всколебалось и с шумом заговорило: «Везут! везут!» Вскоре появился отряд кирасир, за ним необыкновенной высоты сани, и в них сидел Пугачев; он держал в руках две толстые зажженные свечи из желтого воска, который, от движения оплывая, залеплял ему руки; напротив его сидел священник в ризе с крестом и еще секретарь Тайной экспедиции; за санями следовал отряд конницы. Пугачев был с непокрытою головою и кланялся на обе стороны. Сани остановились против крыльца Лобного места. Когда Пугачев и любимец его Перфильев в сопровождении духовника и двух чиновников взошли на эшафот, раздалось: «На караул!», и один из чиновников стал читать манифест. При произнесении чтецом имени злодея Архаров спрашивал: «Ты ли донской казак Емелька Пугачев?» – «Так, государь, – отвечал последний, – я», и проч. Во все продолжение чтения манифеста он, глядя на собор, часто крестился, тогда как его сподвижник Перфильев стоял неподвижно, потупя глаза в землю. По прочтении манифеста духовник сказал им несколько слов, благословил их и пошел с эшафота. Тогда Пугачев сделал с крестным знамением несколько земных поклонов, обратясь к соборам; потом с оторопелым видом стал прощаться с народом, кланялся на все стороны, говоря прерывистым голосом: «Прости, народ православный». После этого экзекутор дал знак палачам и палачи бросились раздевать его; сорвали белый бараний тулуп и стали раздирать рукава шелкового малинового полукафтанья. Тогда он всплеснул руками, опрокинулся назад, и вмиг окровавленная голова уже висела в воздухе, палач взмахнул ее за волосы».
С Перфильевым последовало то же. Четвертование было исполнено над трупами. Отрезанные части тела несколько дней выставлены были около московских застав и наконец сожжены вместе с телами, а пепел развеян палачами. Внук Пугачева был жив еще в 1890 году; он жил в одной из московских богаделен.
Через две недели после казни Пугачева в Москву прибыла императрица Екатерина и здесь принимала участие в удовольствиях столицы, где в то время праздники следовали за праздниками.
Роскошью и разнообразием их Екатерина старалась возвысить блеск своего двора и затмить пережитое ею тревожное время. Со дня открытия Законодательной комиссии, более шести лет перед этим, Екатерина не позабыла своего неудовольствия на старую столицу и, возвратясь снова в ее белокаменные стены, говорила, что чума не истребила всего политического яда, коренящегося в этом городе.
Весною 1775 года в Москве изготовлялись важнейшие из реформ екатерининского царствования – новые губернские учреждения, которые явились главным результатом Законодательной комиссии; образцом для этих учреждений послужило устройство Остзейских провинций. Разумеется, подобный образец имел большую поддержку в остзейцах, занимавших многие значительные места при дворе и в администрации. Екатерина хотела сначала ввести новые учреждения только в Твери, в виде опыта.
Но, как уверяет Сиверс, совет, состоявший из придворных льстецов, бросился к ее ногам и со слезами умолял немедленно обратить в закон такое великое благодеяние. Императрица уступила – и проект сделался законом.