В царствование императора Петра Знаменский монастырь претерпел многие невзгоды; в это время слабость грунта и косогор оказали свое действие на каменные здания и ограду монастырскую. Крыши тоже разрушились. Вдобавок в 1704 году сюда поместили колодников и арестантов с солдатами, в кельях у задних ворот. Последние криком и прошением милостыни отгоняли богомольцев от монастыря; к довершению бед последовавший в 1720 году указ о каменных мостовых вконец разорил этот монастырь, окруженный со всех четырех сторон улицами; имея еще в городе, за Москвою-рекою, землю, он должен был вымостить более 500 квадр. саж. Троицкий пожар 1737 года, испепеливший большую и лучшую часть Москвы, нанес также немалый вред монастырю.
Императрица Елизавета в 1743 году повелела исправить ветхости в монастыре и возобновить старинное жилище Романовых.
В 1776 году профессор Чеботарев еще видел остатки «родительского дома Фамилии Романовых». Позднее, для поддержания монастыря, «Романовская палата» отдавалась внаем разным лицам; здесь жили московский купец Иван Болховитинов, грек-купец Метакса и затем другой нежинский грек Георгий Горголи. Последний кое-как починил палаты.
В год Отечественной войны в монастыре помещался французский провиантмейстер, бывший прежде в русской службе, и монастырь уцелел от огня и разрушения; по выходе французов здесь на время жил архиепископ Августин. Архив монастырских дел от основания монастыря до конца XVIII века во время 1812 года был заставлен в ризнице, в углублении каменной стены, неподвижными шкафами и сохранился тоже в целости.
После 1812 года монастырь кое-как поправили, но делать дальнейшие поправки в нем комиссия не допустила потому, что здание выступало за проектированную линию по Варваринской улице. В 1821 году архимандрит Аристарх входил с прошением к митрополиту Филарету, предполагая сломать палату Романовых и вместо нее построить новую, но разрешения на это не получил.
В 1858 году, по повелению императора Александра Николаевича, августа 31-го, начали возобновлять прародительскую палату бояр Романовых, находящуюся на углу монастыря по Варваринской улице и Псковской горе. На закладке при входе на паперть государя встретил митрополит Филарет с напрестольным крестом в руке – вкладом матери царя Михаила, великой инокини Марфы. При митрополите стоял придворный протодиакон с кадилом патриарха Филарета Никитича. Под сенью хоругвей оба иеромонаха держали в руках храмовой образ Знамения Богородицы, родовой бояр Романовых, царское моленье Михаила Феодоровича.
В приготовленное место для закладки государем и августейшей фамилией были положены новые и древние монеты, поднесенные членами комиссии по постройке. Так, И. Снегиревым были поданы на блюде серебряные и золотые монеты чекана 1856 года, в память коронования государя, – год, в который повелено возобновить Романовскую палату; А. Вельтманом – золотые и серебряные монеты 1858 года, в свидетельство действительного начала работ для обновления этого древнего памятника; г. Кене – золотые и серебряные монеты времен царя Михаила Федоровича, в память того, что в означенном доме родился и возрос этот государь, первый из поколения Романовых; известным нашим археологом, архитектором А. А. Мартыновым – серебряные монеты царствования Иоанна Грозного, как свидетельство, что здание было построено при этом государе.
Возобновление палаты было окончено 22 августа 1859 года, и она освящена в этот же день в присутствии государя императора. Древняя боярская палата была построена в четыре этажа: первый, подвальный этаж, или так называемые в древности погребье с ледником и медушею; второй, нижний этаж, или подклетье, с людскою, кладовою, приспешнею или поварнею; третий, средний этаж, или житье с сенями, девичьею, детскою, крестовою, молельною и боярскою комнатою; четвертый, где находятся вышка, опочивальня и светлица.
Все комнаты внутри были убраны старинными предметами или сделанными по старинным образцам. На восточной стороне палаты в среднем жилье выступает висячее крыльцо, или балкон, глядельня. Над ним в клейме – герб Романовых; под ним в нише – надпись на камне, начертанная уставною вязью, гласящая, при ком и когда начата и окончена постройка.
До 1771 года в Знаменском монастыре существовало кладбище, на котором было погребено значительное число разных лиц, что доказывают часто находимые в земле надгробные памятники при новых постройках.