В истории Академии различают три периода. Первый – от Лихудов до Палладия Роговского 96, 1685–1700 гг.; в это время преобладает образование греческое, и академия называется эллино-греческою. Второй – от Палладия Роговского до времен митрополита Платона, 1700–75 гг.; характер образования в эту эпоху чисто латинский, и академию зовут латинскою или славяно-латинскою. Третий период – от времен Платона до преобразования академии и перемещения ее в Троицкую Лавру, 1775–1814 гг.; в это время называется она Академия славяно-греко-латинская; с последнего года сюда переводится из монастыря св. Николая на Перерве московская семинария, а там остается низшее духовное училище. Академия управлялась ректором и префектом или инспектором; по уставу академии последние должны быть такими, «которых учение и труды уже известны», а префект должен быть «не вельми свирепый и не меланхолик», и оба должны быть «тщательны в своем деле».
Начальникам Академии давались многие ученые поручения. Так, ректору в 1722 году были даны взятые в лавках на Спасском мосту писаные подозрительные тетради и так называемые «волшебные» тетради; пойманных с такими тетрадями наказывали плетьми и потом отсылали к ректору на увещание. Полиция, находя «волшебные» записи, гадательные книги у простодушных людей, зараженных суеверием и обольщавших колдовством, отсылала их к ректору академии.
Так, в 1726 году были найдены такого рода письма у одного иеродиакона Прилуцкого монастыря, Аверкия, который для вразумления был представлен ректору Гедеону. Любопытный также случай рассказывается в бумагах этого же года. К ректору Гедеону из полицеймейстерской канцелярии был прислан дворовый человек князя Долгорукова, Василий Данилов, который, вступив в сношение с дьяволом, украл по его наущению золотую ризу с иконы Богоматери и попался в руки правосудия, от которых, несмотря на просьбы, не был избавлен дьяволом. Ректор должен был выслушать историю его видений и, по двухдневном увещании, возвратил его в полицию. Присылали для увещевания «записного бородача и раскольника» и иконоборца, который в воскресную литургию зажег смоляными щепами образ Спасителя.
К лицам, требовавшим увещания, относили и таких, которые впадали в задумчивость и в душевное расстройство. В этих случаях предписывалось психическое врачевание больного. В 1744 году к ректору Порфирию был прислан студент Академии Наук, Яков Несмеянов, впавший в «меланхолию». В бумаге предписано:
«Определя его к кому из учителей, велеть разговаривать и увещевать, и при том усматривать, не имеет ли он в законе Божии какого сумнения».
Ученики в академии были всякого звания. В 1736 году сюда поступило 158 детей дворянских, между которыми были князья Оболенские, Прозоровские, Хилковы, Тюфякины, Хованские, Голицыны, Долгорукие, Мещерские и другие. Среди этого общества находились подьяческие, канцелярские, дьяческие, солдатские и конюховы дети. А также во главе общества учеников почти во время каждого курса находились лица, имевшие уже иерархические степени, священники, дьяконы и монашествующие.
Часто студента богословия, не окончившего курса, определяли в одну из церквей священником, но он обязан был ходить в Академию до окончания курса. Число учеников простиралось от 200 до 600, годы учения иногда тянулись до двадцати лет, и нередко случалось, что студенты богословия кончали в 35 лет. Не имевших способности к учению, но отличавшихся добрым поведением держали в академии, ожидая, не откроется ли у них со временем дарования, и, если ожидания были тщетны и ученик приходил в зрелые лета, его исключали. В 1736 году таких «непонятливых и злонравных» было исключено сто человек, двух новокрещенных калмыков держали в одном классе девять лет и, наконец, исключили по неспособности к учению.
Вообще начальство не любило карать учеников исключением и выгоняло только тогда, когда «буде покажется детина непобедимой злобы, свирепый, до драки скорый, клеветник, не покорив, и, буде через годовое время ни увещании, ни жестокими наказании одолеть ему невозможно, хотя бы и остроумен был, выслать из академии, чтобы бешеному меча не дать».
Экзамены в академии были торжественные и продолжались три дня в собрании многочисленных посетителей. Диспуты открывались пением учеников, иногда с присоединением оркестра. Диспуты риторические и пиитические состояли в разговорах нескольких учеников о каком-нибудь предмете из области природы, науки или искусства, в чтении стихотворений, в произнесении речей и т. д.
К торжественным действиям, в которых принимали участие ученики, принадлежали встречи царственных особ; так, после Полтавской победы учениками на Никольской улице около академии были говорены разные орации, у академии были устроены триумфальные ворота, украшенные эмблематическими картинами с латинскими и греческими надписями. Когда процессия приблизилась, ученики в белых одеждах, с венками на головах и ветвями в руках вышли навстречу государю, полагали перед ним венки и ветви и пели канты.