Наполеон думал, что, заняв Мадрид, он сломил сопротивление Испании; но ее завоевание еще далеко не было кончено. Английские генералы Бэрд и Мур находились в нескольких днях пути от Мадрида; в Сарагоссе попрежнему господствовал Палафокс; Венегас и Инфантадо продолжали войну в Ла-Манче; Куэста и Галиуцо занимали нижнее течение Тахо; Ла Романа стоял в Галисии, Бальестерос — в Астурии. 1 января 1809 года севильская хунта обратилась с протестом ко всем европейским нациям. Она производила новые наборы ополченцев, а англичане снабжали ее деньгами, оружием и одеждой. Провинции, занятые французами, были наводнены партизанскими отрядами, которые вскоре освоились с войной и сделались опасным противником.
Оставив Жозефу 30 000 человек, Наполеон бросился в погоню за англичанами (22 декабря). Дойдя до Асторги (1 января 1809 г.), он передал командование армией Сульту и вернулся во Францию.
Первая кампания маршалов Наполеона (1809). Сульт настиг английский арьергард 3 января. Мур, пройдя со своим войском 25 миль в два дня, прибыл в Корунью 11 января и дал сражение под стенами города (16 января). Мур был смертельно ранен; его войско успело 18-го погрузиться на суда. Французы вступили в Корунью и в Ферроль (27 января), где нашли более 1500 пушек. Вся северо-западная Испания изъявила покорность Жозефу. Тем временем Венегас был разбит при Уклесе (13 января), а маршал Ланн энергично вел осаду Сарагоссы. Город капитулировал 21 февраля после героического сопротивления, стоившего жизни 40 000 человек.
Плоды этих побед едва не были почти тотчас же утрачены. Жозеф, номинально стоявший во главе армии, не пользовался ни малейшим авторитетом у полководцев своего брата; начальник его штаба, Журдан, импонировал им не многим более; Сульт и Ней ненавидели друг друга, а отъезд Наполеона лишил командование всякого единства. Он увел с собою и гвардию.
Сульту было поручено вторгнуться в Португалию. Оя вступил в нее 24 февраля 1809 года, разбил с 20 000 человек 45 000 португальцев под стенами Опорто, отнял у них 197 орудий и проник в город (29 марта). Но, имея мало боевых запасов и беспокоясь за целость своих сообщений, он не решался идти далее. Уэльслей 22 апреля высадился в Лиссабоне, неожиданно напал 12 мая на Сульта у Опорто и отбросил его в Галисию, затем в Леон. Отступление Сульта заставило Нея эвакуировать Галисию (июль).
Маршал Виктор должен был ждать в Кастилии вступления Сульта в Лиссабон и тогда вторгнуться в Андалузию. Он оттеснил Куэсту к португальской границе и разбил его у Меделлина в тот самый день, когда Себастиани разбил Картохаля у Сиудад-Реаля (28 марта).
Эта двойная неудача — Сульта в Португалии и Нея в Галисии — заставила Виктора и Себастиани повернуть назад к Мадриду, к которому вскоре затем подступили 70 000 испанцев и 28 000 англо-португальцев под начальством Уэльслея и Бересфорда. Оба французских маршала могли противопоставить неприятелю только 32 000 человек. Жозеф призвал Сульта к себе на помощь, оставил Беллиара в Мадриде всего с 4000 человек и 27–28 июля у Талаверы дал сражение армиям Уэльслея и Куэсты. Бой был крайне кровопролитным, стоил французам 7000 человек и остался нерешенным; но приближение Сульта заставило англичан отступить. Мортье настиг Куэсту у Пуэнте дель Арцобиспо, обратил его в бегство и отнял у него 30 орудий (8 августа). Жозеф и Виктор, избавившись от Куэсты, двинулись на Венегаса, разбили его у Альмонасида (11 августа) и заставили его отступить к Сиерре-Морене. 15 августа Жозеф вернулся в Мадрид и отслужил благодарственное молебствие в San-Isidro. Армия до крайности нуждалась в отдыхе, обоз был расстроен, в артиллерии нехватало лошадей, конница была недостаточна, и полк не всегда мог выставить в бой 250 всадников.
Победы Наполеона в Австрии и Венский мир не обескуражили испанцев. Севильская хунта реорганизовала армию, разбитую при Альмонасиде, увеличила ее состав до 50 000 человек и, вручив начальство над нею генералу Аризаге, приказала ему идти на Мадрид. 18 ноября произошло сражение при Оканье, где испанцы потеряли 200 000 убитыми и ранеными и 50 орудий. Месяцем раньше (18 октября) герцог дель Парке был разбит при Тамамесе, а 28 ноября он же был вторично разбит при Альба де Тормес. Испанские войска очистили Кастилию до Сиерры-Морены.
8 Арагоне Влэк был разбит генералом Сюше перед Сарагоссой,(15 июня). В Каталонии испанцы в сражении при Молино дель Рей потеряли 50 орудий, и Рединг, руководивший сопротивлением, принужден был отступить в Таррагону.
Кампания 1810 года; Испания почти покорена. Рединг выступил из Таррагоны лишь для того, чтобы быть разбитым у Валлса (25 февраля 1810 г.). Таким образом, новый год начался при благоприятных предзнаменованиях для французов и предвещал окончание кампании. Наполеон прислал подкрепления: теперь можно было предпринять крупные операции. Жозефу следовало бы постараться прежде всего прогнать из Португалии Уэльслея, ставшего за это время лордом Веллингтоном, дождаться подчинения Валенсии и только после этого двинуться в Андалузию. Но завоевание Андалузии было более легким делом; притом рассчитывали, что занятие этой обширной провинции приведет к миру. Наполеон, к которому Жозеф обратился за советом, уклонился от ответа.