В том же 1878 году 1 ноября в Оренбурге открыт военно-окружной суд.
Весною 1879 года в Оренбурге было пять пожаров, истребивших половину города. Пожарное бедствие продолжалось целых три недели в самом городе и в слободках, а 30 апреля выгорела половина Форштадта. Особенно грандиозен был первый пожар 16 апреля, начавшийся в местности около Александровских бань. От этого пожара сильно пострадали: духовное училище, казенная палата, общественное собрание, одна мечеть, учительский институт, женские гимназия и прогимназия, дом городской думы и управы, окружной штаб, гостиный двор, городской общественный банк, Троицкая церковь, помещения общества взаимного кредита, государственного банка, богадельня, отчасти городская больница, Петропавловская церковь, военно-окружной суд и почти все гостиницы. Из горевших казенных и обывательских домов сильною бурею унесено было далеко за город много деловых бумаг и разных документов, частью найденных после за 15 и 20 верст от города по направлению к Сеитовскому посаду. Всего в течение трех недель сгорело 1355 домов, 292 лавки с кладовыми; общий убыток подсчитывался в 14.510.310 рублей. После этого пожара объявлена была всероссийская подписка в пользу погоревшего Оренбурга. Помощи оказано было много с различных сторон: Государь Император соизволил пожертвовать бедным погорельцам 10 тыс. рублей; для расходов по восстановлению пострадавших от пожара городских зданий отпущено от казны 150 тыс. рублей; были пожертвования из разных мест России со стороны городских дум и частных лиц, в количестве 33 тыс. рублей. Вообще сочувствие и участие были выказаны повсеместно, и благодаря этому обстоятельству Оренбург поправился сравнительно скоро.
В том же 1879 году в Оренбурге открыто 6-е приходское училище.
Кроме пожаров и холерных эпидемий, Оренбург не раз испытывал бедствия неурожаев.
В неурожайный 1880 год беднякам выдавалось даровое продовольствие. В открытых с февраля того года четырех бесплатных столовых ежедневно кормилось 1500 человек. Продовольственный комитет собирал пожертвования и деньгами, и съестными припасами; до 1 мая 1881 года на кормление бедных город издержал 14.958 р. 98 коп.
В 1881 году 11 июля последовало правительственное распоряжение об упразднении Оренбургского генерал-губернаторства, а на другой день, 12 июля, ― Оренбургского военного округа, который присоединен к Казанскому. С этого времени Оренбург потерял свое стратегическое значение и вошел в число заурядных губернских городов Российской Империи. «Оренбургский край» перестал фактически существовать, он стал лишь историческим термином.
Таким образом, в течение почти 140 лет своего существования (с 1743 по 1881 г.) Оренбург был и губернским городом, и областным, и уездным. Так, при образовании Оренбургской губернии в 1744 году Оренбург был губернским городом, в 1782 году, при учреждении Уфимского наместничества, назначен областным, в 1797 году вновь переименован в губернский, в 1802 году, когда административный центр перенесен был в Уфу, Оренбург стал уездным городом и до 1862 года крепостью второго класса. С 1865 года и доныне Оренбург состоит губернским городом.
Главными начальниками сперва были в Оренбургском крае «начальники Оренбургской экспедиции» и «Оренбургской комиссии», затем появились «губернаторы», они сменились «симбирскими и уфимскими генерал-губернаторами», на место их назначались «военные губернаторы», затем снова «генерал-губернаторы».
Последний Оренбургский генерал-губернатор Н. А. Крыжановский в течение 16 ½ лет своего пребывания в Оренбурге сделал для него очень много полезного и оставил по себе неизгладимую память. Оренбург обязан ему уничтожением пограничной с киргизами таможни и отменой пошлины, что, как замечено выше, весьма много содействовало быстрому развитию торговли и увеличению городских доходов, устройством добавочных казарм, открытием новых учебных заведений, заботою по сооружению кафедрального собора, постройкой железной дороги, соединяющей отдаленный Оренбург с внутренней Россией. Плодотворная для Оренбурга деятельность Крыжановского оценена по достоинству. Оренбург избрал его своим почетным гражданином, учредил стипендии его имени и вывесил портрет его в здании городского управления наравне с портретами И. И. Неплюева и известного местного благотворителя Филиппа Шапошникова.
Заканчивая летопись кровавых событий, касающихся усмирения Оренбургских кочевников и расширения Российской Империи завоеванием среднеазиатских городов, нельзя обойти молчанием и той невероятной жестокости, какую приходилось проявлять тогда русским по отношению к непокорным инородцам. Вот что, например, писал историк Петр Рычков об усмирении башкирского бунта под предводительством Каракасалы (1735―1740г.): убито и казнено 9438 человек, сослано на каторгу 3101, роздано помещикам 309, а всего 18.848 человек; сожжено 396[36] деревень и, прибавляет историк, цифры эти вряд ли верны, они слишком малы.