В Преображенской церкви 27 июля 1891 года Оренбургское духовенство во главе с бывшим архипастырем Макарием, местные военные и гражданские власти встречали Высочайшего Гостя Государя Императора Николая Александровича в бытность Его Наследником престола. В настоящее время Преображенская церковь безприходная, приписана к кафедральному собору и временно передана министерству народного просвещения для некоторых городских училищ.
Введенская церковь ― вторая по времени основания, находится на той же Набережной улице, построена также на казенный счет и тем же губернатором Неплюевым в 1752 году. Церковь эта называлась «зимним», а по народному «зеленым» собором и с 1859 по 1895 год служила, как и Преображенская, кафедральным собором. Главный ее алтарь посвящен празднику Введения во храм Пресвятой Богородицы, приделы во имя Благоверного князя Александра Невского и Алексия человека Божия.
Церковь расписана живописью, в 1891 году Св. Синодом обращена в приходскую.
Георгиевский войсковой собор.
Георгиевский войсковой собор ― бывшая Георгиевская церковь в казачьем Форштадте, основана Неплюевым в 1756 году. В ней всего один престол во имя великомученика Георгия. Во время пугачевского бунта в 1773 году церковь была расхищена. По преданию, здесь самозванец в доказательство царского своего достоинства кощунственно садился на св. престол. В 1791 году церковь освящена вновь, а в 1891 году обращена в Оренбургский войсковой собор.
Троицкая церковь (на Троицкой улице) ― трехпрестольная, основана на казенный счет в 1774 году в память освобождения города Оренбурга от долговременной и тяжкой осады скопищами Пугачева. Троицкая церковь дважды подвергалась пожарам. Ныне она благолепно обставлена. Кроме главного престола во имя Пресвятой Троицы, в церкви имеются приделы в честь Успения Богоматери и св. Николая чудотворца.
Вознесенская церковь (купеческая) ― трехпрестольная, стоит на Николаевской улице, основана на казенный счет в 1784 году. Под церковью устроен был проезд в гостиный двор. В 1845 году церковь увеличена. Ныне, поддерживаемая местным купечеством, она благолепна. Главный ее алтарь посвящен празднику Вознесения Господня, приделы ― в честь Благовещения Пресвятой Богородицы и святителя Николая.
Военно-Петропавловская церковь, расположенная на улице того же названия, устроена также на казенный счет первоначально в 1757 году для местных войск, затем сгорела и возобновлена в 1809 году. Кроме главного алтаря в честь Св. апостолов Петра и Павла, в церкви имеется придел во имя Воздвижения Креста Господня.
Кладбищенская церковь (близ женского монастыря) ― однопрестольная во имя Смоленской иконы Богоматери, приписана к кафедральному собору. Устроена она по Высочайше утвержденному плану в 1847 году на средства чиновника А. Еникуцева. Строитель, кроме того, оставил церкви 34.667 руб. с тем, чтобы капитал этот, обращаясь в кредитных учреждениях, оставался неприкосновенным в течение 100 лет. При благоприятных обстоятельствах означенный капитал имеет возрасти в миллион рублей, после чего, согласно завещанию, церковь должна быть приведена в более благоприличный вид, с учреждением при ней трехштатного причта, вполне обеспеченного, и лучшего певческого хора. Прах Еникуцева покоится в склепе под полом той церкви.