Надвинулись холода. В наемном сброде начались бунты. Большая часть снялась с места. С остатками своих банд главнокомандующий стал поспешно отходить назад — в немецкие земли.
На том и закончилась помощь императора Ордену.
В ноябре 1520 года, в самый разгар войны, Коперник был снова избран наместником капитула в Ольштыне.
Теперь миссия Коперника стала чисто военной.
Крестоносцы захватили большую часть земель капитула. Область была опустошена, — деревни сожжены, крестьяне перебиты или разбежались.
Члены капитула рассеялись из Фромборка по разным местам и укрылись вне епархии.
Отряды Ордена продвигались все дальше, к еще не занятому ими югу Вармии. Район Ольштына — он только и оставался не захваченным Орденом — находился в великой опасности. Удержать Ольштынский замок во что бы то ни стало — такова была задача Коперника. Если бы капитул потерял и Олыптын, Альбрехт мог бы в будущих переговорах требовать себе всю Вармию как фактически занятую им.
Епископ Фабиан бежал из области еще в начале войны. Капитул, законный орган управления Вармией, перестал существовать. Разбежались и каноники. Большая их группа укрылась в Гданьске и пыталась оттуда распоряжаться делами капитула. Но это было незаконно, ибо по уставу каноник вне епархии теряет все права на управление.
Ян Скультети, архидиакон и казначей, обосновался с кассой и печатью в Эльблонге. Один только Коперник и еще каноник Шнелленберг — ничтожная, случайно оказавшаяся в Ольштыне личность — оставались в Вармии. Тем самым Коперник становился единовластным законным хозяином области.
В эти месяцы Коперник отдал всего себя подготовке Ольштынского замка к осаде. Укрывшихся за ольштынской стеною крестьян он высылал на фортификационные работы и обучал их владению оружием.