Еще будучи в пути Кирилов получил известие, что Сибирский продовольственный транспорт окружен башкирами и находится в осаде, в 30 в.не доходя Верхне-Яицкой пристани. Задержание продовольственного транспорта поставило Экспедицию Кирилова в крайне тяжелое положение, т. к. у него уже ощущался недостаток в продовольствии.
Закладка гор. Оренбурга. Продолжение борьбы с башкирами
6-го августа Кирилов достиг р. Яика при устье р Орь. Здесь к нему явились представители казакского народа, при помощи которых ему удалось заготовить запасы продовольственного скота для Экспедиции и таким образом предотвратить голод в отряде до прибытия транспорта из Сибири, навстречу которому он выслал особый отряд.
15-го августа Кирилов заложил гор. Оренбург, который должен был стать оплотом русского господства во вновь присоединенной окраине.
Вначале гор. Оренбург представлял собою небольшую крепостцу о четырех бастионах, с малой цитаделью, которая была расположена на горе Преображенской, названной так в память прибытия Экспедиции в день Преображения 6-го августа.
Между тем восстание в Башкирии разгоралось. До Кирилова доходили сведения, что восставшие поднимают весь народ. При таком положении оставаться в г. Оренбурге, отрезанном от внешнего мира, было опасно. Кирилов командировал в Верхне-Яицкую пристань отряд под командой полковника Тевкелева, поручив ему снабдить город Оренбург продовольствием из Сибири.
Оставив в г. Оренбурге гарнизон из 10 рот под командой полковника Чемадурова, Кирилов с остальным отрядом выступил по направлению в Сакмарский городок, имея целью идти к городу Мензелинску, куда спешил к нему на помощь из Казани с отрядом войск генерал Румянцев.
Сакмарский городок уже существовал в это время. Он был построен яицкими казаками в 1725 г. и представлял собой маленькое укрепление, с земляным валом и рвом и одной деревянной башней. Местоположение городка было выбрано весьма удачно: он был прекрасно защищен окружающими его горами. В городке жило до 200 яицких казаков и 50 инородцев, которые занимались земледелием. Городок неоднократно подвергался нападениям со стороны казаков и башкир, но всякий раз мужественно отбивал эти нападения.
Кирилов прибыл благополучно в Сакмарский городок, где к нему были доставлены видные вожди башкирского восстания Асунагул Кильмакаев и несколько его товарищей, которые были казнены.
Из Сакмарского городка Кирилов выступил по направлению к Уфе. Не доходя до г. Уфы, он встретил до 600 восставших башкир под предводительством старшины Атай Кусюмова и разбил их. Продолжая свой движения вперед, Кирилов приказал сжигать на пути все башкирские деревни, забирая и уничтожая продовольствие и скот, чтобы обречь восставших на голодную смерть.