Татищев добился того, что сборы ясака с башкир были изъяты из рук ясашников и переданы избранным башкирским старшинам. Мирные башкирские села были уравнены в правах с ново-башкирами, которые во время восстания стали пользоваться различными привилегиями за счет коренного населения.
Кроме того Татищев принял ряд мер к укреплению военного положения в Башкирии и с этой целью обязал местных помещиков и казанских татар снарядить за свой счет особые команды.
Несмотря на свое стремление, Татищев не мог обуздать своевольство военных командиров, которые с беспримерной жестокостью, в особенности генерал Соймонов, продолжали кровавые расправы уже с покорившимися башкирами. Они продолжали резать башкирам языки и носы, отрубать руки и ноги. Выведенные из терпения этими издевательствами башкиры в 1737 г. снова восстали.
На этот раз восстание башкир привлекло внимание Казакского хана Абулхаира, который осенью 1737 г. предложил Татищеву свои услуги усмирить башкир и вторгнулся со своими казаками в Башкирию. Татищев под благовидным предлогом сумел удалить из пределов Башкирии воинственного хана, задарив его подарками.
В 1738 г. восстание продолжалось. Башкиры сами обратились за помощью к казакскому хану и предложили ему стать ханом «угнетенной Башкирии». Абулхаир-хан принял предложение башкир. Он женился на башкирке и прибыл в город Оренбург, куда потребовал башкирских старшин на совещание и для уплаты ясака.
Комендант города майор Останков предложил хану не вмешиваться в башкирские дела. Абулхаир-хан выхватил саблю и закричал: «город мой и для меня построен, а кто не послушает, тому голову срублю!».
Поступок хана вызвал новую тревогу у правительства.
Объединение башкир и казаков под властью казакского хана придавало новый характер борьбе в Оренбургском крае; правительство было сильно обеспокоено за судьбу города Оренбурга.
Татищев поспешил в г. Оренбург и вызвал к себе на свидание Абулхаир-хана. Хан прибыл и, будучи одарен подарками, принял присягу на верность России.
Продолжая борьбу с башкирами, Татищев строил русские крепости в крае. В течение 1738 г. он заложил крепости: Ново-Сергиевку, Переволоцкую, Чернореченскую, Ельшанскую, Карагайскую и достроил крепости Бердскую и Губерлинскую.