В силу этих соображений, 19 апреля 1743 г. Неплюев заложил гор. Оренбург на настоящем его месте.
В плане, составленном инженером Штокманом, Оренбург представлял собою многоугольник об 11 полигонах, 10 бастионах и 2-х полу-бастионах. Город был обнесен валом и рвом. Высота вала достигала до 12 футов, ширина рва — 5 сажен, а глубина 12 футов. Длина крепости занимала 677 саж., а ширина — 570 саж. Общая окружность обвода укрепления равнялась 5 в. 192 саж. В город вели 4 ворот: на востоке — Орские ворота, на западе — Чернореченские и Уральские и на севере — Сакмарские.
Для постройки нового города были наряжены башкиры, тептяри и уфимские казаки. Работы производились при чрезвычайно тяжелых условиях в смысле продовольствия. За время работ заболело цингой 1350 рабочих, из которых умерло 631 человек.
В течение лета в 1743 г. город был построен. Здесь были выстроены дома не только для правительственных учреждений, но и для частных лиц, которым сдавались на чрезвычайно выгодных условиях. Неплюев разослал приглашения в города Уфу, Самару и другие места, предлагая купцам поселиться в новом городе. Первыми для заселения нового города явились казанские татары, которые уже имели торговые связи с казаками.
В 1745 году казанский татарин Сеит Хаялин с товарищами, в числе 300 дворов, испросил разрешение у Неплюева на постройку Сеитовской татарской слободы между Оренбургом и Сакмарским городком. Сеит обязался завести здесь хлебопашество и даже хлопковые плантации, но опыты с последними не удались и татары занялись исключительно торговлей с казаками. В 1784 г. сеитовские татары получили привилегии торговых татар.
Построив Оренбург, Неплюев позаботился наладить сообщение нового центра с городами Уфой и Казанью, для чего по направлению к Уфе был устроен почтовый тракт, так называемая Новая Московская дорога. Так как башкирское население по тракту было очень редко, то Неплюев устроил здесь ямские слободы, заселив их казанскими татарами. В 50-х годах XVIII в. по Ново-Московскому тракту уже насчитывалось 4720 душ населения, половина из них были татары, содержавшие почтовую гоньбу, за которую они освобождались от воинской повинности.
Г. Оренбург возник не в силу естественного роста, как центр местной экономической жизни, но был создан искусственно. Но строитель его — Неплюев сделал все от него зависящее, чтобы обеспечить расцвет вновь построенному городу. Как военно-административный центр края, город в первую очередь был украшен монументальными по тому времени зданиями, которые производили сильное впечатление на современников, в особенности на кочевников, не видавших больших городов. Современники Неплюева и первый историк края П. И. Рычков говорят об этих первоначальных постройках города с особенною гордостью. В числе первых зданий Оренбурга называют губернскую канцелярию, каменное двухэтажное здание со сводчатым нижним помещением для хранения архивов; губернаторский дом о 20 покоях, который, по словам историка, — «достойно было почесть между лучших строений в резиденциях императорских имеющихся».
Затем шли полицейская и корчемная контора, почтовый и аманатный дворы, для проезжающих офицеров и знатных иностранных гостей (а также и заложников), в которых были устроены «изрядные покои». Дальше, в центре города были построены гауптвахта, гарнизонная и полковая канцелярия, аптека, госпиталь, провиантские и соляные магазины.
В центре города был построен обширный гостинный двор, занимающий площадь длиною вдоль главной улицы города 104 саж. и шириною 91 саж. Внутри гостинного двора, обнесенного высокою стеной, было построено 150 лавок и амбаров; все лавки были построены под сводами и имели навесы, позволяющие торговать в любую погоду. Среди двора было построено каменное здание таможни, сохранившееся до сих пор и просторный пакгауз с весами, которые были покрыты листовым железом и «вычернены смолою». Гостинный двор предназначался, главным образом, для зимней торговли в городе. Но главная торговля в Оренбурге шла не зимой, когда почти прекращались всякие сношения с Зауральной степью и кочевавшая там Казакская орда уходила на зимовки в «дальние степи», — а летом. Между тем, летом сношения города с Зауральной степью затрудняла р. Урал. Имея это в виду, Неплюев уже в 1744 году построил за Уралом, в 3-х верстах от города, меновой двор с крытыми лавками и с батареями по углам стен для отражения «хищников», в случае их нападения на мирных купцов. Меновой двор стал средоточием летней меновой торговли.
Эти заботы об устройстве гостинного и менового двора, на ряду с правительственными зданиями, весьма красноречиво свидетельствуют о тех целях, для которых был построен Оренбург, как форпост колонизаторской политики царизма. Каменные военные казармы, тюрьма, церкви, корчемная контора, гостинный и меновой дворы — лучше всего выражали идею господства торгового капитала и военной силы в крае. Привлекая в новый центр торговый класс, Неплюев раздавал купцам казенные дома в рассрочку, обставляя торговлю большими льготами, что не замедлило сказаться на быстром приросте населения. Чтоб сделать Оренбург еще более заманчивым для торгового капитала, Неплюев сосредоточил в нем всю меновую торговлю с киргизской степью и с средне-азиатскими купцами, за исключением торговли съестными припасами и фуражом. Такая торговая политика превратила Оренбург в центральный пункт меновой торговли всего обширного края и обусловила быстрый рост города.