Ввиду повсеместных волнений и бегства крестьян с войсковой территории в Бузулукский уезд, что было сопряжено с разорением самого зажиточного населения в крае, в крестьянские волости были двинуты казачьи отряды с артиллерией, усиленные нарядами полиции, которые должны были «убедить» крестьян в превосходстве военного сословия над мирным крестьянским населением. Демонстрация имела успех, и часть крестьян покорились своей участи, т. е. остались на местах, перечислившись в казаки.
Неблагополучно происходило «оказачение» крестьян и в Оренбургском уезде. Крестьяне Оренбургских волостей встретили указ правительства открытым бунтом. По волостям были посланы военные отряды. Сам Наказный атаман Оренбургского казачьего войска граф Цукато с отрядом казаков при артиллерии должен был выехать в Никольскую волость, где окрестные крестьяне, вооружившись чем попало, собрались в толпу и заявили, что они не желают перейти в казачье сословие. Граф Цукато двинул против толпы 3 сотни казаков, приказав им действовать «тупыми концами пик». Толпа крестьян до 1 тыс. человек, заняла кладбище и продолжала сопротивляться; только угроза графа открыть по ним огонь картечью вынудила крестьян сдаться на милость победителя, и они были приведены к присяге, как казаки.
Войсковое население с перечисленными в его состав крестьянами в 1840 г. возросло до 62.620 душ мужского пола.
Согласно положения об управлении войском от 12-XII—1840 г. войско, оставаясь под главным управлением начальника Оренбургского края, было изъято из ведения невойсковых властей и получило свое военно-административное устройство. Территория войска была разделена на 2 военных округа и на 10 полковых округов; к каждому полковому округу было приписано 2500 казаков. Полковыми округами командовали полковые командиры, которым войсковое население подчинялось как в военном, так и в гражданском отношениях.
Общее управление войска по прежнему было сосредоточено в лице войскового атамана, который был переименован в наказные атаманы Оренбургского казачьего войска. Военным управлением, т. е. учетом строевых частей и их службой, заведывало Войсковое Дежурство. Для гражданского управления в войске было учреждено Войсковое Правление, которое приняло на себя все функции гражданской власти, осуществляя ее через полковые округа и местные станичные правления. Местное управление было сосредоточено в полковых и станичных правлениях. В каждом из этих правлений имелись соответствующие отделы и столы, которые ведали хозяйственными, полицейскими, судебными и военными делами полковых округов и станиц.
Не вдаваясь в детальное описание нового административного аппарата войска, можно подчеркнуть, что он имел вполне определенный военный характер, и все гражданские и хозяйственные интересы войскового населения были подчинены требованиям военной службы. Вся система казачьего управления была построена в духе царствования Николая I, насадившего в России казарменно-бюрократический режим.
По штату 1840 г. Оренбургское войско, весь строевой состав войска определялся в 9694 человека, которые числились на постоянной военной службе, что от 62 тыс. населения войска составляло свыше 16%. Таким образом войско по прежнему оставалось военным лагерем.
Кроме военной повинности население войска несло все натуральные земские повинности, сопряженные с оседлостью, наравне с гражданским населением губернии.
Через 14 лет после этой реформы, т. е. в 1854 г. население войска возросло до 91780 муж. душ, почему правительство нашло возможным увеличить число строевых частей.
По проекту генерал-губернатора Перовского в этом году в войске было сформировано еще 6 пеш. батальонов, которые были предназначены для занятия гарнизонов во вновь построенных укреплениях в киргизской степи.