Наряду с массовыми репрессиями, посыпавшимися после подавления восстания на всех заподозренных в антииспанских настроениях, особенное значение имели процесс над священниками Гомецом, Бургосом и Замора и их публичная казнь. Хотя священники не имели прямого отношения к заговору, монашеские ордена добились их ареста и предания суду.
В качестве улик на суде фигурировали не только претензии священников на церковные приходы, не только факт возложения Бургосом венка на гроб Симона де Анда, но даже петиция, поданная испанскому королю и написанная по совету архиепископа.
В борьбе монашеских орденов со светской властью за нераздельное господство на архипелаге на долю манильского архиепископа всегда выпадала очень крупная роль. Если архиепископ принадлежал сам к какому-нибудь ордену, он, естественно, в первую очередь защищал интересы своего ордена за счет остальных, неизменно поддерживал монахов в борьбе с губернаторской властью. В тех же случаях, когда архиепископ не принадлежал ни к одному из орденов, он обычно стремился усилить вес и значение архиепископской власти и ограничить всесилье монашеских орденов. Такие архиепископы обычно являлись сторонниками назначения в приходы аббатов-филиппинцев, надеясь усилить этим свое влияние за счет монашеских орденов.
К моменту Кавитского восстания манильский архиепископ не только поддерживал претензии филиппинских священников, но и отдавал себе ясный отчет, к чему может привести политика необузданных репрессий, проводимая монашескими орденами и губернатором Изкиэрдо.
Манильский архиепископ отправил в Мадрид протест против новой волны притеснений филиппинских священников, начавшийся с приездом губернатора Изкиэрдо. Он писал: «Несправедливое отнятие приходов у светского духовенства вызывает настоящий скандал. Неужели не боятся довести его до отчаяния? Разве оно недостаточно страдало и неужели его ожидают еще большие страдания? Кто сможет ручаться, что испытанная верность этого духовенства не превратится в ненависть…
Разве не дали понять некоторые индийские священники, что если бы американцы или немцы захватили Филиппины в войне с Испанией, они приняли бы врагов как освободителей…»
Архиепископ не только сам послал протест, но, по его указаниям, патер Бургос, после некоторых колебаний, согласился составить верноподданническую петицию испанскому королю. В петиции, собравшей более трехсот подписей, испрашивалось разрешение на предоставление приходов филиппинцам.
На суде все это было превращено в улики против обвиненных священников. Но этого было еще недостаточно, чтобы добиться их смерти за участие в подготовке вооруженного восстания в Кавите. Чтобы добиться обвинительного приговора, монашеским орденам пришлось, по словам современников, дать громадные взятки судьям.
Все обвинение было построено на лжесвидетельских показаниях одного запуганного крестьянина, которому в награду была обещана свобода, хотя впоследствии власти поспешили казнить его вместе с осужденными священниками.
Пятнадцатого февраля был вынесен приговор. Три филиппинских священника и свидетельствовавший против них крестьянин были осуждены на смертную казнь. Остальные обвиняемые, в том числе многие представители крупной буржуазной интеллигенции, были приговорены к ссылке и каторге на сроки от двух до десяти лет.