Начались длинные споры Испании с Португалией о «правах» на «открытый» архипелаг. Несколько раз Испанский король посылал на острова новые экспедиции. Начальник одной из них и назвал архипелаг Филиппинами, в честь наследника испанской короны, будущего короля Филиппа II.
В 1564 году из Мексики — центра испанского господства в Новом Свете — была послана эскадра под командой Лопеса Мигуэля Легаспи. Ему было поручено покорить и обратить в христианство население Филиппин. Для последней цели, немаловажной в глазах фанатичного испанского короля, в составе экспедиции находилось несколько монахов под начальством Андреса Урданеты.
Урданета обладал всеми качествами испанских проповедников христианства той эпохи, с необычайной легкостью менявших сутану на кольчугу, крест на меч и сыгравших такую значительную роль в завоевании и эксплуатации колоний. Он сочетал в себе искусство тонкого политика и интригана с опытом старого конквистадора. Прежде чем стать монахом-августинцем, он служил капитаном и сражался в колониальных экспедициях.
Хорошо вооруженным отрядам Легаспи под командой опытных военачальников удалось довольно скоро положить начало испанскому господству на островах.
Умело используя раздробленность Филиппин и борьбу между отдельными племенами архипелага, Легаспи сперва вступает в союз то с одним, то с другим из племенных вождей и султанов. Предлагая туземным владетелям свои услуги в борьбе с противниками, он с помощью своих союзников добивается установления испанского господства в ряде прибрежных районов. Затем, укрепившись на территории своих союзников, он силой заставляет их признать суверенитет испанского короля. С самого начала завоевания архипелага проводниками и разведчиками командира эскадры являются монахи. В наиболее развитых районах Филиппин феодальная верхушка приняла проповедников новой идеологии с распростертыми объятиями. Монахи еще не обнаружили своей алчной грабительской сущности, а новые христианско-монархические взгляды казались туземным феодалам более совершенным орудием закабаления народа, чем прежние примитивные разновидности религиозного культа. Эти старые верования уже не соответствовали складывавшимся феодальным отношениям.
К концу XVI века Испания установила свое господство в решающих районах архипелага. Чем сильнее чувствовали себя колонизаторы, тем отчетливее выступало на первый план вооруженное покорение филиппинских народов, тем более жестокой становилась колониальная эксплуатация.
Сквозь прежнюю маску христианского благочестия все более ясно проступает алчность монашеских орденов. Обращение населения в христианство теперь уже целиком опирается на штыки и плети испанских солдат. Для монашеских орденов — а к началу XVII века их насчитывается на Филиппинах уже около десятка — обращение филиппинского населения в христианство означало получение новых источников обогащения, новых рабов. Во главе военных отрядив, подчинявших еще не завоеванные районы и острова, часто стоят монахи, в большинстве случаев — иезуиты.
Монашеские ордена шаг за шагом захватывают главное богатство страны — ее лучшие плодородные земли. Филиппинские крестьяне превращаются в бесправных арендаторов. Они обязаны отдавать монахам-феодалам большую часть урожая, бесплатно работать на постройке монастырей и церквей.
Главными носителями колониального угнетения и эксплуатации постепенно становятся монашеские ордена.
Колониальная политика испанского абсолютизма способствовала превращению Филиппин в заповедную вотчину монашеских орденов и колониальных сатрапов. Только на очень короткий срок после установления испанского господства главный город и порт колонии Манила становится крупным торговым центром. Здесь колониальное правительство, испанские купцы и феодалы обменивают выколоченные у филиппинского народа, под видом ренты и дани, продукты на китайские шелка и другие товары и отправляют их в американские владения Испании. В Манилу стекаются купцы из Китая и Индии, Явы и Сиама.