По указке монашеских орденов генерал-губернатор производит бесчисленные аресты. Виновных в восстании ищут прежде всего среди видных буржуазных националистов, известных испанским властям и монахам своими либеральными идеями, критикой орденов и участием в масонских ложах.
Серию казней открывает расстрел 12 сентября тринадцати «кавитских мучеников», как назвал филиппинский народ первые жертвы массового террора колонизаторов. Аресты и казни широкой волной прокатились по центрам Пампанги, Булакана, Нуэва Эсиха. Колониальные власти с жестокостью и садизмом, достойными их сегодняшних потомков из банд фашистского генерала Франко, убивают и до смерти замучивают пленных повстанцев. «Цивилизованные и религиозные захватчики пытали своих пленников, жгли их, душили, потрошили внутренности, возобновили все пытки инквизиции, стискивание пальцев, колья, дыбу…» — писал современник-филиппинец Рамон Рейес Лала.
В течение одной только ночи из сотни арестованных, запертых в узком и душном погребе, задохнулось более шестидесяти человек.
Аресты и казни производились среди всех слоев населения, в том числе и умеренных буржуазных националистов, не связанных с «Катипунаном» и высказывавшихся против вооруженного восстания.
Но все это кажется недостаточным кровожадным монашеским орденам. Монахи чувствуют, что на них в первую очередь направлена всеобщая ненависть, и они требуют все новых и новых жертв. Они ведут в Мадриде кампанию против генерал-губернатора Бланко, обвиняя его в мягкости и бездеятельности, и добиваются его отозвания.
Двадцать пятого октября 1896 года в Маниле появляется сменивший Бланко генерал Камило Палавьеха и через несколько дней занимает генерал-губернаторский дворец.
Только необычайной кровожадностью Палавьеха можно объяснить тот факт, что его предшественник Рамон Бланко вошел в буржуазную историю как «гуманный человек». С приходом к власти Палавьеха террор усиливается. Генерал-губернатор непрерывно требует военных подкреплений из Европы, умножая казни и пытки. Он создает в Маниле постоянный военно-полевой суд, утверждает смертные приговоры, вынесенные судами еще при Бланко, широко практикует конфискацию имущества и капиталов «подозрительных» филиппинских богачей.
Репрессии против умеренно настроенных буржуазных националистов толкают и последних в лагерь революции. Восстание разрастается. Оно вспыхивает все в новых и новых пунктах.
Филиппинский народ начал свою борьбу, вооруженный кольями, копьями и длинными крестьянскими ножами-боло. Но в боях с испанскими войсками и гражданской гвардией повстанцы добывали себе огнестрельное оружие.
Рассеянные в одном месте, революционные отряды немедленно соединяются в другом. Вокруг Бонифацио и его революционных соратников — Эмилио Хасинто, Макарио Сакай, Фаустино Гильермо объединяются народные ополчения. Повстанцы приступают к созданию регулярных революционных армий, подчиненных революционным командирам, часто выходцам из народных низов.