Между тем, Бабёф отправился в Париж, чтобы протестовать против действий департаментской администрации. Узнав о передаче дела прокурору, он решил остаться в столице. Здесь у Бабёфа нашлись друзья: Сильвен Марешаль — известный журналист, неутомимый проповедник безбожия и будущий участник «заговора равных» — устроил его на службу сначала в продовольственную администрацию при Парижской коммуне, потом в Комиссию продовольствия при Комитете общественного спасения.
Жил Бабёф в Париже открыто, нигде не скрывался, принимал у себя жену и детей. Лучшим его оправданием могло послужить то, что и сам Бабёф и семья его по-прежнему не вылезали из самой жестокой нужды. «Несчастные, — писал он в это время жене, — они обвиняют меня в том, что я изменил своим обязанностям ради денег. Пусть придут они посмотреть на дело своих рук! На моих детей, которые плачут, потому что у них нет хлеба!»
Та новая служба, на которую устроили Бабёфа его друзья, требовала добросовестности, рвения и наличия революционного чутья. Никогда еще за время революции продовольственный вопрос не стоял так грозно, как в эти зимние месяцы 1793/94 года. Когда рука реакционной шайки из Мондидье дотянулась до Парижа и Бабёф был арестован (14 ноября 1793 года), администраторы Парижского полицейского департамента Меннессье и Данже сочли своим долгом адресовать прокурору округа Мондидье письмо, в котором между прочим писали: «Гражданин Бабёф и до своего поступления на службу и во все время службы не дал никакого повода, по крайней мере насколько нам это известно, сомневаться ни в его гражданских чувствах, ни в его честности».
Максимилиан Робеспьер
Один из этих администраторов Меннессье стал впоследствии деятельным участником «заговора равных».
Благодаря вмешательству друзей Бабёф 7 декабря был вновь выпущен на свободу. За него поручились Сильвен Марешаль, член Конвента Тибодо и некий профессор Добе. Однако вернуться на службу ему не удалось. Комиссия продовольствия запросила на его счет министра юстиции и получила отрицательный ответ. 30 января 1794 года Бабёф по собственной инициативе вернулся в тюрьму.
Буржуазные политики Мондидье обратили против Бабёфа испытанное орудие клеветы — прием, который буржуазия не устанет и впредь применять против вождей и борцов пролетариата. Бабёфу оставалось теперь добиваться реабилитации. В тюрьме он написал обращение к комитетам Национального конвента и к министру юстиции Гойе, в котором добивался вторичного рассмотрения своего дела в любом суде за пределами департамента Соммы, лучше всего в революционном трибунале.
По докладу Мерлена из Дуе Конвент 13 мая передал дело в кассационный трибунал. Здесь решение амьенского трибунала сначала кассировали, а потом все дело передали в трибунал департамента Эны. Самого Бабёфа перевели в тюрьму в Лаон. Энский трибунал 18 июля 1794 года нашел возможным освободить Бабёфа, не решаясь, впрочем, вынести какое-либо окончательное решение.
После почти полугодового заключения Бабёф получил возможность вновь увидеться со своими. Его сын Эмиль, названный так в честь одного из героев Жан-Жака Руссо, опасно заболел и болезнь его удержала Бабёфа в Лаоне. Но пока для Бабёфа в Лаоне тянулись долгие дни у постели больного сына, в Париже Французская революция переживала свой самый решительный, самый трагический кризис.