Он заговорил о Судебнике, все положения которого были одобрены думою. Потом царь указал на необходимость твердых уставов и для церкви, о необходимости устройства школ. Духовенство находилось в страшном упадке, было невежественно и развращено до мозга костей; монастыри были рассадниками тунеядства, пьянства и гульбы, превосходившей даже гульбу мирян; монахи заразились духом бродяжничества и шлялись из монастыря в монастырь; самые возмутительные пороки гнездились в обителях. Все это нужно было исправить, преобразовать, создать наново. Широки и разумны были начертания всего того, что задумывали власти создать и упорядочить, не упуская из виду, никаких мелочей.
Собрание деятельно принялось за обсуждение предложенных на его рассмотрение вопросов, и эта работа поглотила мысли Филиппа. Вспоминая среди серьезных дел о царе, он только мысленно молился, чтобы Бог укрепил царя идти по тому пути, по которому он шел Теперь, как великий преобразователь России.
Несмотря на серьезную деятельность в думе, несмотря на расположение государя, Филипп стремился скорее уехать из Москвы в Соловецкую обитель, где его ждали сотни задуманных им самим дел. Два года он уже был настоящим настоятелем в обители, и два раза приходилось ему в это время проводить целые месяцы в Москве. Это его сильно тревожило. Работа предстояла горячая. Число братии за последние годы умножилось, а средства оставались почти прежние, и потому оскудение в монастыре нередко порождало ропот. Особенно неудобство ощущалось в тесном размещении монахов, так как после пожара здание было почти наполовину меньше прежнего, а и в прежних помещениях жили люди в тесноте. Еда была недостаточна, не питательна и не здорова. Это было не монашеское содержание, а отравление плоти или проголодь. Не лучше была и. одежда монашествующей братии. Монахи не только нередко походили на нищих, но не было даже однообразия в одеяниях. Тут была не необходимая для монаха скромность в одежде, а невольная неряшливость и нечистоплотность, недопустимая для служителей церкви. Все в обители требовало не только перемены, но создания наново всего строя жизни. Десяток предшествовавших Филиппу соловецких настоятелей не оставили после себя никаких следов, кроме ничего не говорящих имен этих игуменов. Жизнь монастырская текла сегодня, как вчера, и носила характер полного застоя.
Когда Филипп, возвратившись в свою обитель, начал развивать свои планы переустройства монастыря перед Ионою, тот спросил его;
— А где средства?
— Их-то и надо отыскать, отче, — ответил Филипп. — Без денег, конечно, ничего не поделаешь. Ну, да Бог не без милости, авось, пошлет и их.
И решительным тоном он прибавил:
— Одно я знаю, что в прежнем положении обитель нельзя оставить.
— Помоги тебе Бог в благих начинаниях, — сказал Иона.
Он с глубокой любовью смотрел на своего бывшего ученика и твердо верил в его силы.