С первых дней ареста Сухомлинова Распутин и царица делали все возможное, чтобы дело замять. Нажим на Носовича — обер-прокурора уголовно-кассационного департамента — со стороны двора усиливался.

Следствием были установлены новые подробности предательства Сухомлинова, и против него были выдвинуты обвинения по 108, 338, 339, 341, 362 статьям уголовного уложения. Иначе говоря, Сухомлинов обвинялся в предании армии и флота неприятелю, т. е. в государственной измене, шпионаже, превышении власти, бездействии, мошенничестве.

Сухомлинов в ответ на эти обвинения сочинил целый контробвинительный акт против «крамольных» изобличителей. Он признавал себя виновным только в отсутствии предвидения, что война примет такие гигантские размеры и потребует такого напряжения сил страны, — мол, этого не только он не учел, но и все военные министры всех стран.

Нужно отдать должное Сухомлинову: его письменный ответ на обвинения, выдвинутые против него, составляет великолепный документ изворотливости профессионального шпиона.

Арест Сухомлинова явился большим событием в жизни руководящих слоев царской России. Буржуазия, недовольная политикой Николая II и его ближайшего окружения, стала ожидать дворцового переворота. События действительно назревали. После ареста Сухомлинова последовало убийство Распутина. Однако режим царского самодержавия все еще держался.

Сухомлинов был помещен в одной из камер знаменитого Алексеевского равелина Петропавловской крепости. Этим  жестом царское правительство хотело показать союзникам и широким массам, что оно собирается жестоко расправиться с изменником. Но все это была только комедия.

В равелине Сухомлинову были созданы самые лучшие условия. На второй же день после ареста ему разрешили свидание с женой. В последующие дни она почти ежедневно посещала его.

Дальше дело пошло именно так, как того пожелала придворная камарилья. Царь вынес следующее решение:

«Ознакомившись с данными предварительного следствия верховной комиссии, нахожу, что не имеется оснований для обвинения, а посему дело прекратить. Николай» (телеграмма министру юстиции от 10 ноября 1916 г.).

Если в первый раз Сухомлинова спасли от суда царь, Распутин и дворцовая клика, то во второй раз этого шпиона спас Керенский.