ДЕРПТСКИЙ университет был выбран правительством в качестве культурного этапа на перепутий между Россией и Западом, где должны были готовиться к профессуре «природные россияне». Идея создания профессорского института при Дерптском университете возникла у профессора Г. Ф. Паррота, который к 1828 году был академиком и жил в Петербурге. Поддерживавший с ним, по примеру Александра I, близкие отношения Николай I отнесся внимательно к проекту Паррота, велел отобрать во всех тогдашних русских университетах 20 «лучших студентов, природных русских, с беспорочной, надежной нравственностью, природными дарованиями, любовью и прилежанием к наукам» и послать их «с надежным начальником» на 3 года в Дерпт, а затем на 2 года в Берлин или Париж.
Университет в Дерпте был основан в 1632 году шведским королем Густавом-Адольфом вскоре после завоевания им этого города у поляков.
По декрету Густава-Адольфа университет учрежден был для «обеспечения всестороннего благосостояния завоеванных провинций» в составе четырех факультетов, в там числе медицинского, со всеми правами и привилегиями шведского университета (в Уисале). В виду «недостатка ученых сил в самой Швеции пришлось заместить многие кафедры вновь открытого университета немецкими профессорами, которыми дерптская университетская коллегия преимущественно пополнялась и в дальнейшее время. Немецкое культурное влияние в Дерпте продолжало усиливаться и преемственно сохранялось в кем и при всех дальнейших переменах в его политическом положении вплоть до 1710 года, когда Дерпт был после осады взят Петром I.
Несмотря на желание Петра «университета выгоды и привилегии паче распространить, нежели убавить, и из своих земель младых людей для обучения туда посылать», — Дерптский университет прекратил свое существование за отсутствием профессоров, уехавших еще до осады в Швецию и захвативших туда библиотеку вместе с документами.
Прибалтийское дворянство несколько раз делало попытай восстановить университет, но положительных результатов не достигло как в виду розни между отдельными дворянскими группами, так и вследствие того, что преобладавшие в его среде немецкие бароны больше всего заботились о получении от царского правительства льгот политических и экономических, жертвуя для достижения их культурной стороной дела.
Только при Павле I вопрос о Дерптском университете получил благоприятное разрешение. Павел отнесся сочувственно к идее восстановления Дерптского университета по соображениям политическим. В его время русской молодежи запрещалось учиться за границей «по причине возникших там зловредных правил к воспалению незрелых умов, на необузданные и развратные умствования подпускающих». Но дело с открытием университета для «благородного юношества» Прибалтийского края затянулось до 1802 года. Штат профессоров и преподавателей открывавшегося наконец университета почти весь был составлен из немцев, так как привилегированные классы Прибалтики, дававшие основную массу учащихся, пользовались во всем своем обиходе немецким языком, на котором велось также преподавание в местной средней школе.
Первым попечителем нового Дерптского университета был назначен известный германский поэт, друг Гете, Ф. И. Клинтср. В качестве начальника русских военных школ в Петербурге он считал необходимым применять в изобилии розгу, которую для полунемецкого Дерпта он Неожиданно заманил прогрессивными идеями эпохи «бури и натиска», получившей в Германии название от его драмы того же наименования. Пробыв на посту попечителя Дерптского университета до 1817 года, Клингер много содействовал углублению и развитию в Нем немецкой культуры и пополнению его профессорской коллегии выходцами из Германии.
Непосредственный же руководитель университета, выходец из Вюртемберга и воспитанник Штутгартской академии Г. Ф. Паррот настолько усердно поддерживал в Дерпте идеи Клингера, что прибалтийское дворянство забило даже тревогу. Бароны жаловались Александру I на «демагогические» стремления Паррота, который «готов поднять местных крестьян против дворянства». В вину ректору ставилась, между прочим, его речь на открытии университета (в августе 1 802 года), когда Паррот указывал студентам, что «они Обязаны признательностью тому народу, который своим трудом обеспечивает дворянству благосостояние и досуг к занятию науками». Немалое возмущение среди баронов вызвали также заботы Паррота о том, чтобы университетское образование доступно было не одним только дворянам, но и представителям других классов. Действительно, среди дерптских студентов наблюдался известный, конечно весьма условный, демократизм. Так, по воспоминаниям одного дерптского студента, благодаря духу товарищества «все студенты без различия национальностей и социального положении говорили друг другу «ты», в корпорациях сливались армяне, поляки, русские, французы, евреи, сыновья сапожников и графов». Попечитель Клингер сообщал правительству, что лучшим студентом Дерптского университета является латыш Вильямс, бывший крепостной барона Врангеля, и что «прилежание и окота Вильямса к наукам равняются природным его талантам».
Недаром прибалтийские дворяне жаловались, что «скоро никого из дворян в Дерптском университете не останется, ибо всю доверенность потеряли, потому что профессора явно проповедуют безбожие, и пока Клингер будет попечителем, то и не будут иметь никакой доверенности к университету; Клингера вся Лифляндия ненавидит, яко человека дурных правил, злобного и безбожного; профессора без стыда говорят, что религию, яко предрассудок, истребить надо».
Поэт Николай Языков писал в конце мая 1828 года брату Александру из Дерпта