Выйдя из больницы, Пирогов был еще настолько слаб, что не мог выехать в Петербург, и остался до полного выздоровления в Риге, где развил обширную практическую и научную деятельность. Первой операцией, сделанной им в Риге, было восстановление носа по способу Диффенбаха. У пациента был гладкий лоб, из которого Пирогов выкроил прекрасный нос. Случай этот сделался известным в городе, и вскоре к Николаю Ивановичу стали приходить больные десятками.
За операцией носа последовала литотомия (извлечение камня из мочевого пузыря), затем вырезывание опухолей и т. п.
В военном госпитале, где лежал Николай Иванович, также не было оператора. Среди больных имелось два интересных случая: одни с камнем мочевого пузыря, а другой, требовавший отнятия бедра в верхней трети. В обоих случаях никто не решался в госпитале делать операции. Пирогов провел обе операции очень удачно.
После этого ординаторы госпиталя стали просить Николая Ивановича показать км {некоторые операции на трупах, прочесть несколько лекций из хирургической анатомии и оперативной хирургии. Курс этот имел большой успех.
Здесь, в Риге, положено было начало славе Пирогова как ученого и практического врача.
Наконец, Пирогов вполне оправился от болезни и выехал в сентябре в Петербург, чтобы представиться министру и получить ожидаемое назначение в Москву. Заехав;в Дерпт повидаться с Мойером, Николай Иванович узнал от него, что московская кафедра отдана Иноземцеву. Известие это произвело на Пирогова тяжелое впечатление. «Недаром же у меня никогда не лежало сердце к моему товарищу по науке, — рассказывал впоследствии Николай Иванович. — Недаром в моем дерптском дневнике разражался я против него разного рода жалобами и упреками и вместе с тем завидовал ему. Это он назначен был разрушить мои мечты и лишить меня, мою бедную мать и бедных сестер первого счастья в жизни.
Сколько счастья доставляло и им и мне думать о том дне, когда наконец я явлюсь к ним, чтобы жить вместе и отблагодарить их за все их попечения обо мне в тяжелое время сиротства и нищеты!. И вдруг все надежды, все счастливые мечты, все пошло прахом». Но Пирогов понимал, что Иноземцева винить не приходится, что причина лежит в системе управления, в безответственности властей, в произволе московского попечителя, графа С. Г. Строганова.
Спешить в Москву было незачем, и Николай Иванович остался в Дерпте, где семья Мойера приняла его хорошо: Екатерина Афанасьевна приласкала обиженного, а Иван Филиппович предоставил Пирогову возможность свободно распоряжаться университетской хирургической клиникой, так как сам был чрезвычайно занят хлопотливыми обязанностями ректора.
К этому времени в клинике Мойера оказалось четыре интересных случая: мальчик с камнем а пузыре; огромный саркоматозный полип, застилавший всю полость носа и зева; скорбутная опухоль подчелюстной железы, величиною с кулак, и сухая гангрена от ожога всего предплечья у эпилептика. Мойер поручил Пирогову распорядиться по своему усмотрению этими больными, сам он был занят операцией извлечения камня у одного старика пастора. Операция шла неудачно: горжерет (инструмент) старого образца, которым все еще, как и прежде, оперировал Мойер, оказался слишком коротким; побежали искать другой инструмент — не нашли; кое-как горжерет прошел в пузырь и Мойер извлек три камня.
Через несколько дней была назначена такая же операция Пирогова. Один из берлинских товарищей Пирогова, приехавший в Дерпт, рассказал там о необыкновенной скорости, с которой Николай Иванович делал литотомию над трупами. Набралось много зрителей смотреть, как скоро сделает Пирогов литотомию у живого. Многие вырули часы. «Не прошло и двух минут, как камень был извлечен, — рассказывает Пирогов. — Все, не исключая и Мойера, были видимо изумлены». Быстрота операции зависела также и от инструмента, которым действовал Николай (Иванович. Столь же удачно прошли и другие операции, порученные Пирогову. С этого времени начали почти ежедневно являться в клинику больные, всецело поступавшие в его распоряжение. Клиника зажила по-новому.